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BDH蛋白,PNAS!

Immu Adv Immunity Advances 2025年03月22日 16:00
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染色质重塑复合物SWI/SNF在真核生物中高度保守,是调控染色质可及性的重要因子。它通过ATP依赖的方式改变DNA与组蛋白的相互作用,参与基因表达、DNA修复、细胞分化等多种过程。植物中的SWI/SNF复合物包含多个亚基,其中BCL-DOMAIN HOMOLOG(BDH)蛋白是植物SWI/SNF复合物的关键亚基,与动物中的BCL7亚基具有序列同源性。然而,BDH在植物SWI/SNF复合物中的具体功能尚不清楚。


2025年1月21日,发表在PNAS上题为Plant BCL-DOMAIN HOMOLOG proteins play a conserved role in SWI/SNF complex stability 的文章研究了植物BDH蛋白的功能,揭示其在SWI/SNF复合物稳定性中的保守作用。通过分析BDH突变体,发现其缺失导致植物发育缺陷,如下胚轴细胞伸长过度。进一步研究发现,BDH蛋白的β-发夹结构域在复合物的催化模块中起关键作用,通过与ACTIN/ARP异二聚体的相互作用,稳定SWI/SNF复合物的催化模块。此外,尽管BDH与酵母中的Rtt102蛋白在序列上无同源性,但结构预测显示它们在功能上具有相似性,且Rtt102能够部分恢复BDH突变体的表型。研究结果表明,BDH在植物SWI/SNF复合物中通过稳定ARP异二聚体发挥功能,并揭示了β-发夹结构域在真核生物SWI/SNF复合物中的保守性。


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文章要点

1)BDH影响植物发育和下胚轴伸长。BDH缺失导致植物发育缺陷,包括叶片卷曲、早花、花瓣增多和短角果。bdh突变体在不同光照条件下均表现出更长的下胚轴,且这种伸长是由于细胞长度增加而非细胞数量变化。RNA-seq分析显示,bdh突变体中XTH基因表达上调,可能解释了下胚轴伸长的表型。

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图1 BDH影响植物发育和下胚轴伸长


2)BDH保守结构域的功能分析。BDH蛋白包含多个保守结构域,其中BCL结构域和N结构域对BDH功能至关重要。BCL结构域的缺失导致BDH无法与SWI/SNF复合物互作,而N结构域的缺失则部分影响其互作能力。BDH的Alpha结构域在功能上不显著。这些结果表明,BCL结构域是BDH与复合物互作的关键区域。

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图2 BDH保守结构域的功能分析


3)β-发夹结构是SWI/SNF复合物中ACTIN/ARP互作的进化保守模块。植物BDH、动物BCL7和酵母Rtt102蛋白的β-发夹结构在SWI/SNF复合物中具有相似的ACTIN/ARP互作模式。BDH1通过其β-发夹结构与ARP7特异性互作,且该互作依赖于保守的色氨酸残基。Rtt102也能与植物ARP7互作,并部分恢复bdh突变体表型,表明其功能保守性。

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图3 β-发夹结构是SWI/SNF复合物中ACTIN/ARP互作的进化保守模块


4)酵母Rtt102是植物BDH蛋白的远缘功能同源物。Rtt102在植物中能够部分替代BDH的功能,尤其是在下胚轴伸长和角果长度方面。Rtt102与ARP7的互作较BDH1弱,这可能是其功能互补能力有限的原因。这些结果支持了Rtt102与BDH在功能上的进化保守性。

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图4 酵母Rtt102是植物BDH蛋白的远缘功能同源物


5)BDH促进ARP异二聚体稳定性。BDH1的存在增强了ARP4与ARP7之间的互作,表明BDH可能通过稳定ARP异二聚体来影响SWI/SNF复合物的稳定性。在bdh突变体中,ARP4在复合物中的丰度显著降低,而MAS特异性亚基的丰度略有增加,这可能反映了BDH缺失导致的MAS复合物功能受损。

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图5 BDH促进ARP异二聚体稳定性


小结

本研究对植物BCL-DOMAIN HOMOLOG(BDH)蛋白在SWI/SNF染色质重塑复合物中的功能进行了全面解析。通过分析BDH突变体,发现其缺失导致植物下胚轴细胞伸长过度,且BDH通过抑制XTH基因表达调控细胞伸长。进一步研究揭示BDH蛋白的BCL结构域和N结构域在与SWI/SNF复合物互作中起关键作用,其中BCL结构域的β-发夹折叠是其与ARP异二聚体互作的核心。此外,尽管酵母Rtt102BDH在序列上无同源性,但结构预测显示其与BDH功能保守,且Rtt102能部分恢复BDH突变体表型。研究还发现BDH通过稳定ARP异二聚体影响SWI/SNF复合物的稳定性,进而调控染色质重塑和基因表达。

参考文献

Candela-Ferre J, Pérez-Alemany J, Diego-Martin B, Pandey V, Wohlschlegel J, Lozano-Juste J, Gallego-Bartolomé J. Plant BCL-DOMAIN HOMOLOG proteins play a conserved role in SWI/SNF complex stability. Proc Natl Acad Sci U S A. 2025 Jan 21;122(3):e2413346122.


https://doi.org/10.1073/pnas.2413346122.


撰文丨Little Finger
制版丨粥粥

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