Andre Mario Doi, Joceline Rodrigues Arroyo, Roberta Cardoso Petroni, Erick Gustavo Dorlass, Gustavo Bruniera, Nair Hideko Muto, Rubia Anita Ferraz Santana, Joao Renato Rebello Pinho
{"title":"EP-027 - TESTE DE METAGENÔMICA NO DIAGNÓSTICO DAS DOENÇAS TROPICAIS E NEGLICENCIADAS: 3 ANOS DE EXPERIÊNCIA","authors":"Andre Mario Doi, Joceline Rodrigues Arroyo, Roberta Cardoso Petroni, Erick Gustavo Dorlass, Gustavo Bruniera, Nair Hideko Muto, Rubia Anita Ferraz Santana, Joao Renato Rebello Pinho","doi":"10.1016/j.bjid.2024.103957","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"<div><h3>Introdução</h3><div>A Metagenomica shotgun utilizando sequenciamento de nova geração (NGS) possibilita detectar patógenos raros e negligenciados na prática clínica. A técnica desenvolvida em nosso laboratório, utiliza o RNA mensageiro presente na amostra para detecção e identificação dos microrganismos.</div></div><div><h3>Objetivo</h3><div>O objetivo desse estudo foi avaliar o número total de casos testados, porcentagem de positividade e principais patógenos encontrados durante três anos em laboratório de hospital privado terciário.</div></div><div><h3>Método</h3><div>O RNA total é extraído seguido de digestão do DNA e depleção do rRNA/mtRNA. É então realizada a reação de transcrição reversa em duas etapas com primers randômicos, seguido de amplificação por PCR e preparo de biblioteca. As bibliotecas são sequenciadas usando a plataforma Illumina, e em seguida submetida a análise de bioinformática em pipeline desenvolvido internamente. A interpretação de cada resultado é realizada por time multidisciplinar e quando necessário testes ortogonais confirmatórios são realizados.</div></div><div><h3>Resultados</h3><div>Entre janeiro de 2020 até outubro de 2023 foram testados 2373 casos na rotina clínica. Os materiais mais prevalentes foram amostras de plasma e em seguida amostras de liquor. A taxa de positividade geral foi de 21,66%. Os patógenos associados a doenças negligenciadas foram Brucella, arenavirus, leishmania, hantavirus, taenia sp., dengue, chikungunya, monkeypox, vírus da febre amarela, Cladophialophora e hepatite E.</div></div><div><h3>Conclusão</h3><div>A escassez de métodos diagnósticos para patógenos raros e negligenciados pode levar a subnotificação dessas doenças em diversas partes do mundo. Outro fator é que muitas dessas doenças cursam com quadro clínico semelhante, o que dificulta ainda mais o manejo desses pacientes. O teste de metagenômica demonstrou ser eficiente nesse diagnóstico e as taxas de positividade encontradas em nossa população estão de acordo com outros trabalhos publicados.</div></div>","PeriodicalId":56327,"journal":{"name":"Brazilian Journal of Infectious Diseases","volume":"28 ","pages":"Article 103957"},"PeriodicalIF":3.0000,"publicationDate":"2024-10-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Brazilian Journal of Infectious Diseases","FirstCategoryId":"3","ListUrlMain":"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S141386702400240X","RegionNum":4,"RegionCategory":"医学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q2","JCRName":"INFECTIOUS DISEASES","Score":null,"Total":0}
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Abstract
Introdução
A Metagenomica shotgun utilizando sequenciamento de nova geração (NGS) possibilita detectar patógenos raros e negligenciados na prática clínica. A técnica desenvolvida em nosso laboratório, utiliza o RNA mensageiro presente na amostra para detecção e identificação dos microrganismos.
Objetivo
O objetivo desse estudo foi avaliar o número total de casos testados, porcentagem de positividade e principais patógenos encontrados durante três anos em laboratório de hospital privado terciário.
Método
O RNA total é extraído seguido de digestão do DNA e depleção do rRNA/mtRNA. É então realizada a reação de transcrição reversa em duas etapas com primers randômicos, seguido de amplificação por PCR e preparo de biblioteca. As bibliotecas são sequenciadas usando a plataforma Illumina, e em seguida submetida a análise de bioinformática em pipeline desenvolvido internamente. A interpretação de cada resultado é realizada por time multidisciplinar e quando necessário testes ortogonais confirmatórios são realizados.
Resultados
Entre janeiro de 2020 até outubro de 2023 foram testados 2373 casos na rotina clínica. Os materiais mais prevalentes foram amostras de plasma e em seguida amostras de liquor. A taxa de positividade geral foi de 21,66%. Os patógenos associados a doenças negligenciadas foram Brucella, arenavirus, leishmania, hantavirus, taenia sp., dengue, chikungunya, monkeypox, vírus da febre amarela, Cladophialophora e hepatite E.
Conclusão
A escassez de métodos diagnósticos para patógenos raros e negligenciados pode levar a subnotificação dessas doenças em diversas partes do mundo. Outro fator é que muitas dessas doenças cursam com quadro clínico semelhante, o que dificulta ainda mais o manejo desses pacientes. O teste de metagenômica demonstrou ser eficiente nesse diagnóstico e as taxas de positividade encontradas em nossa população estão de acordo com outros trabalhos publicados.
期刊介绍：
The Brazilian Journal of Infectious Diseases is the official publication of the Brazilian Society of Infectious Diseases (SBI). It aims to publish relevant articles in the broadest sense on all aspects of microbiology, infectious diseases and immune response to infectious agents.
The BJID is a bimonthly publication and one of the most influential journals in its field in Brazil and Latin America with a high impact factor, since its inception it has garnered a growing share of the publishing market.
京公网安备 11010802042870号
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