QUTEMOL®

R. Hassunuma, F. D. Silva, Amanda Cristina Moço, Patrícia Carvalho Garcia, Michele Janegitz Acorci-Valério, M. Golim, Sandra Heloisa Nunes Messias
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Material e métodos: Foram realizados testes com todos os co-mandos disponíveis em todos os menus do software, sendo que, para avaliar a função dos comandos, foi utilizado como modelo o arquivo PDB 2HHB, referente à desoxiemoglobina humana. Resultados: As análises dos menus do programa mostraram que ilustrações digitais e animações podem ser gera-das no QuteMol® utilizando principalmente comandos disponíveis no Menu Presets, que apresenta padrões pré-definidos de exibição das biomoléculas; no Menu Geometry apresenta comandos que podem alterar a forma de exibi-ção e os padrões de cores da molécula; e no Menu Customize que apresenta o maior número de comandos de personalização da molécula (como saturação, iluminação, fundo, profundidade, halos de luz e bordas). Conclusão: O QuteMol® apresentou uma relativa escassez de recursos relacionados a análises bioquímicas estruturais, quando comparado com outros programas tradicionalmente utilizados, o que reduz a sua aplicação em pesquisas. 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摘要

简介:生物分子的数字插图和gif动画经常用于生物化学领域的网站制作、出版物和演示。然而,大多数传统上用于制作这种材料的计算机程序都需要基本的编程知识和编写命令脚本。摘要目的:分析计算机程序QuteMol®作为生物分子数字插图和动图制作的教学工具。材料和方法:对所有软件菜单中可用的所有命令进行测试,并以人脱氧血红蛋白PDB 2HHB文件作为模型来评估命令的功能。结果:对程序菜单的分析表明,数字插图和动画可以在QuteMol®中生成,主要使用预设菜单中的命令,该菜单具有预定义的生物分子显示模式;在几何菜单中,你会看到可以改变分子的显示方式和颜色模式的命令;自定义菜单提供最多数量的分子自定义命令(如饱和度、照明、背景、深度、光晕和边缘)。结论:与传统程序相比,QuteMol®在结构生化分析方面相对缺乏资源,降低了其在研究中的应用。然而,其直观的菜单与控制按钮的分子显示命令,使该软件成为一个优秀的教学资源,在生产数字插图和动画,特别是为初学者在生物信息学领域。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
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Introdução: Ilustrações digitais e gifs animados de biomoléculas são fre-quentemente utilizados na produção de sites, publicações e apresentações na área de Bioquímica. Entretanto, a maioria dos programas computacionais utilizados tradicionalmente para produção deste material requer conhecimen-tos básicos de programação e elaboração de scripts de comandos. Objetivo: apresentar uma análise do programa computacional QuteMol® como ferra-menta didática na produção de ilustrações digitais e de gifs animados de bio-moléculas. Material e métodos: Foram realizados testes com todos os co-mandos disponíveis em todos os menus do software, sendo que, para avaliar a função dos comandos, foi utilizado como modelo o arquivo PDB 2HHB, referente à desoxiemoglobina humana. Resultados: As análises dos menus do programa mostraram que ilustrações digitais e animações podem ser gera-das no QuteMol® utilizando principalmente comandos disponíveis no Menu Presets, que apresenta padrões pré-definidos de exibição das biomoléculas; no Menu Geometry apresenta comandos que podem alterar a forma de exibi-ção e os padrões de cores da molécula; e no Menu Customize que apresenta o maior número de comandos de personalização da molécula (como saturação, iluminação, fundo, profundidade, halos de luz e bordas). Conclusão: O QuteMol® apresentou uma relativa escassez de recursos relacionados a análises bioquímicas estruturais, quando comparado com outros programas tradicionalmente utilizados, o que reduz a sua aplicação em pesquisas. Entretanto, seus menus intuitivos com botões de controle dos comandos de exibição da molécula tornam o software um excelente recurso didático na produção de ilustrações digitais e animações principalmente para usuários iniciantes na área de Bioinformática.
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