通过实验验证 Cajanus cajan 中的 miRNA、lncRNA 和 miRNA 在 mRNA 上的靶标，破译 miRNA-lncRNA-mRNA 相互作用。

IF 4.2 3区 生物学 Q1 PLANT SCIENCES Plant Biology Pub Date : 2024-03-23 DOI:10.1111/plb.13639
M. R. Chowdhury, C. Chatterjee, D. Ghosh, J. Mukherjee, S. Shaw, J. Basak
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摘要

豌豆（Cajanus cajan）因其营养和药用价值而被广泛种植，但由于缺乏基因组和非编码基因组信息，其产量一直没有提高，因此仍然是一种 "孤儿作物"。非编码 RNA，如 miRNA 和长非编码 RNA（lncRNA），参与生长、代谢、发育和应激反应的调控，并在转录后基因调控（PTGR）中发挥关键作用。我们试图通过实验验证计算预测的miRNA和lncRNA以及miRNA在mRNA上的靶标来阐明miRNA和lncRNA在豌豆中的作用。我们通过实验验证了 20 个 miRNA 和 11 个 lncRNA。我们预测了三个 miRNA 靶标的裂解位点：丝氨酸/苏氨酸蛋白激酶、聚半乳糖醛酸酶和β-半乳糖苷酶。我们利用计算方法确定了 265 个 miRNA 的 469 个靶点及其功能注释。我们建立了一个miRNA-mRNA-lncRNA网络模型，其中的miRNA同时以mRNA和lncRNA为靶标，从而获得这三种分子相互作用的信息。通过实验验证，miRNA（即靶向β-半乳糖苷酶mRNA的cca-miR1535a）与lncRNA cca-lnc-020033之间的相互作用得到了证实。我们的研究结果增加了人们对豌豆非编码基因组及其在 PTGR 和改善这种脉冲作物农艺性状方面作用的了解。
本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

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来源期刊
Plant Biology
Plant Biology 生物-植物科学
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109
审稿时长
3 months
期刊介绍： Plant Biology is an international journal of broad scope bringing together the different subdisciplines, such as physiology, molecular biology, cell biology, development, genetics, systematics, ecology, evolution, ecophysiology, plant-microbe interactions, and mycology. Plant Biology publishes original problem-oriented full-length research papers, short research papers, and review articles. Discussion of hot topics and provocative opinion articles are published under the heading Acute Views. From a multidisciplinary perspective, Plant Biology will provide a platform for publication, information and debate, encompassing all areas which fall within the scope of plant science.
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