Estudio de la Estructura y Diversidad genética de ganado Holstein del sistema familiar en México

El objetivo fue conocer la estructura poblacional de los animales Holstein del sistema de lechería familiar, identificar posibles orígenes del material genético, conocer el grado de consanguinidad e identificar posibles huellas de selección en el genoma, que permitan vislumbrar las características que se han mejorado a través de los años. El estudio incluyó 270 animales genotipados con el chip GGP-50K®. Después del control de calidad de genotipos, se incluyeron 43,548 SNP autosómicos. Para conocer la estructura poblacional se realizaron análisis de mezclas y componentes principales (CP). Para conocer la consanguinidad genómica y detectar huellas de selección, se usó información de corridas de homocigosidad (ROH). El análisis de mezclas se realizó con el software Admixture, y los de CP, ROH y consanguinidad se realizaron con SVS-v7.6.8. El análisis de mezclas mostró evidencia de seis componentes, todos ligados a familias de sementales Holstein con diferente país de origen. Los CP no evidenciaron estratificación de la población por hato. El coeficiente de consanguinidad promedio fue de 0.59 ± 0.53 %. En las regiones del genoma con ROH más frecuentes en la población (≥20 animales), se han reportado numerosas asociaciones, QTL y genes relacionados con producción y composición de la leche, parámetros de fertilidad, susceptibilidad a enfermedades, conformación corporal, eficiencia alimenticia y algunas características de composición de la canal. Los resultados reflejan la existencia de una amplia diversidad genética en esta población y la posibilidad de realizar trabajos de mejoramiento genético a través de selección sin afectar los niveles de consanguinidad.