Molecular detection of hepatitis E virus among swine and poultry birds in Lagos, Nigeria

Background: Hepatitis E virus (HEV), the only hepatitis virus that replicates in humans and a wide range of animal hosts, is a significant public health enteric virus with a growing trend of infection globally. The public and environmental implications associated with HEV as a zoonotic transmitted virus remain to be fully elucidated. Thus, with the limited information on HEV in other species other than humans in Nigeria, this study aimed to detect by molecular methods HEV among some livestock in Lagos, Nigeria.Methodology: A cross-sectional study of 172 (42.0%) poultry birds aged between 5 and 18 months, and 238 (58.0%) swine aged between 2 and 18 months purposively selected from Ojo, Ikorodu and Agege Local Government Areas (LGAs) of Lagos State, Nigeria between November 2017 and July 2019 was conducted. A total of 410 non-repetitive stool samples collected were analysed by molecular technique for the detection of HEV RNA. Descriptive statistics were computed for all relevant data. The association between gender and age with HEV RNA positivity was tested using Chi-square. All significant associations were recorded at p≤0.05.Results: On the overall, 15 (3.7%) of the 410 stool samples were positive for HEV RNA with 5 (2.9%) and 10 (4.2%) of the 172 and 238 poultry birds and swine respectively. More female livestock (6.0%) had detectable HEV RNA than their male counterparts (1.0%) and the infection clustered majorly among age groups 1-6 months, and 7-12 months with a detection rate of 9.3%, 3.2% and 5.6%, 3.2% for both the swine and poultry birds respectively. Approximately 11.1% of the swine and 5.0% of the poultry birds’ samples from Ikorodu LGA were positive for HEV RNA. Only 3.0% of the swine samples from Ojo LGA had detected HEV RNA. No sample from Agege LGA had detectable HEV RNA.Conclusion: The detection of HEV in both the swine and poultry birds in Lagos, Nigeria further confirms the endemicity of HEV and a cause for public health concern regarding the epidemiology of HEV in Nigeria. There is an urgent need for active and continuous surveillance to further detect and subtype the circulating HEV among livestock to prevent the advent of virulent strains that may be transmitted to handlers and the community at large. Contexte: Le virus de l'hépatite E (VHE), le seul virus de l'hépatite qui se réplique chez l'homme et chez un large éventail d'hôtes animaux, est un virus entérique important pour la santé publique avec une tendance croissante d'infection à l'échelle mondiale. Les implications publiques et environnementales associées au VHE en tant que virus transmis par des zoonoses restent à élucider pleinement. Ainsi, compte tenu des informations limitées sur le VHE chez d'autres espèces autres que les humains au Nigeria, cette étude visait à détecter par des méthodes moléculaires le VHE chez certains animaux d'élevage à Lagos, au Nigeria. Méthodologie: Une étude transversale portant sur 172 (42,0%) volailles âgées de 5 à 18 mois et 238 (58,0%) porcs âgés de 2 à 18 mois, sélectionnés à dessein dans les zones de gouvernement local (LGA) d'Ojo, Ikorodu et Agege de L’État de Lagos, au Nigéria, a été mené entre novembre 2017 et juillet 2019. Au total, 410 échantillons de selles non répétitifs collectés ont été analysés par technique moléculaire pour la détection de l'ARN du VHE. Des statistiques descriptives ont été calculées pour toutes les données pertinentes. L’association entre le sexe et l’âge avec la positivité de l’ARN du VHE a été testée à l’aide du chi carré. Toutes les associations significatives ont été enregistrées à p≤0,05. Résultats: Au total, 15 (3,7%) des 410 échantillons de selles étaient positifs pour l'ARN du VHE, dont 5 (2,9%) et 10 (4,2%) des 172 et 238 volailles et porcs respectivement. Un plus grand nombre de femelles (6,0%) présentaient un ARN du VHE détectable que leurs homologues mâles (1,0 %) et l'infection se concentrait principalement dans les tranches d'âge de 1 à 6 mois et de 7 à 12 mois avec un taux de détection de 9,3%, 3,2% et 5,6%, 3,2% respectivement pour les porcs et les volailles. Environ 11,1% des échantillons de porcs et 5,0% des échantillons de volailles de la LGA d’Ikorodu étaient positifs pour l’ARN du VHE. Seulement 3,0% des échantillons porcins d’Ojo LGA avaient détecté l’ARN du VHE. Aucun échantillon d’Agege LGA ne contenait d’ARN du VHE détectable. Conclusion: La détection du VHE chez les porcs et les volailles à Lagos, au Nigeria, confirme en outre l'endémicité du VHE et une source de préoccupation pour la santé publique concernant l'épidémiologie du VHE au Nigeria. Il existe un besoin urgent d'une surveillance active et continue pour détecter et sous-typer le VHE en circulation parmi le bétail afin de prévenir l'avènement de souches virulentes susceptibles d'être transmises aux manipulateurs et à la communauté dans son ensemble.