导航:用于智能光片显微镜的开源平台

IF 36.1 1区 生物学 Q1 BIOCHEMICAL RESEARCH METHODS Nature Methods Pub Date : 2024-09-11 DOI:10.1038/s41592-024-02413-4
Zach Marin, Xiaoding Wang, Dax W. Collison, Conor McFadden, Jinlong Lin, Hazel M. Borges, Bingying Chen, Dushyant Mehra, Qionghua Shen, Seweryn Gałecki, Stephan Daetwyler, Steven J. Sheppard, Phu Thien, Baylee A. Porter, Suzanne D. Conzen, Douglas P. Shepherd, Reto Fiolka, Kevin M. Dean
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摘要

Navigate 使生物学家和技术开发人员能够在单一框架内的不同硬件上建立并重复使用智能显微镜管道。虽然基于 Python 的通用智能显微镜框架已经建立,但它们都是为受激发射耗尽5 或单分子定位显微镜6 而设计的,尚未解决 LSFM 的特定采集难题,包括照明和检测光学机械解耦,以及缺乏用于保持焦点的光学基底。虽然存在基于图形用户界面的图像后处理框架6 ,但据作者所知,navigate 是唯一一款能以无代码格式生成基于决策的采集例程的软件(补充表 1)。navigate 的插件架构便于添加新硬件,使用户能够集成其他不支持的设备。对于基于图像的反馈,还可以在 navigate 环境中加载自定义分析例程,以评估内存中存储为 NumPy 数组的图像。Navigate 支持添加 REST-API 接口,以便与运行在 Python 之外或不同 Python 环境(如 Ilastik7)中的图像分析程序进行双向通信,使开发人员能够调用最先进的软件,同时避免依赖冲突。基于图像的反馈可用于执行各种任务,例如光学复杂标本中的无传感器自适应光学(图 1c)。我们认为这种灵活性对于软件适应 LSFM 的各种模式和集成反馈机制是非常必要的。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。

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Navigate: an open-source platform for smart light-sheet microscopy
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Nature Methods
Nature Methods 生物-生化研究方法
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326
审稿时长
1 months
期刊介绍: Nature Methods is a monthly journal that focuses on publishing innovative methods and substantial enhancements to fundamental life sciences research techniques. Geared towards a diverse, interdisciplinary readership of researchers in academia and industry engaged in laboratory work, the journal offers new tools for research and emphasizes the immediate practical significance of the featured work. It publishes primary research papers and reviews recent technical and methodological advancements, with a particular interest in primary methods papers relevant to the biological and biomedical sciences. This includes methods rooted in chemistry with practical applications for studying biological problems.
期刊最新文献
Pushing the limits of MRI brain imaging A leap for mesoscale imaging Multi-pass nanopore for single-molecule protein sequencing The bearded dragon Pogona vitticeps Microscopic art
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