Molecular Characters of AB-FAR Gene 1 of Aphelenchoides besseyi from Five Rice Varieties

Aphelenchoides besseyi merupakan nematoda penyebab penyakit pucuk putih yang terbawa benih padi. Gen AB FAR-1 diketahui sebagai gen penting yang mengendalikan patogenisitas A. besseyi.  Penelitian dilakukan untuk mengetahui karakter gen AB FAR-1 yang diisolasi dari nematoda yang berasal dari benih padi.  Ekstraksi nematoda dilakukan dengan metode corong Baerman dari benih 5 varietas padi “Ciherang“, “Inpari Sidenuk“, “Sintanur“, “Hibrida Prima“ dan “Pak Tiwi“.  Ekstraksi DNA total nematoda menggunakan metode CTAB dilanjutkan dengan amplifikasi gen AB FAR-1 menggunakan primer spesifik FAR-F1/R1 dan analisis  urutan nukleotidanya.  Pita DNA spesifik gen AB FAR-1 berukuran 150 pb berhasil diamplifikasi dari semua sampel nematoda.  Analisis sekuen menunjukkan bahwa gen AB FAR-1 tersebut memiliki homologi tertinggi (92.5 – 100%) dengan aksesi Genbank JQ686690.1, yaitu gen AB FAR-1 A. besseyi asal Cina.  Walaupun memiliki homologi yang tinggi, terdapat beberapa perbedaan nukleotida pada sampel gen AB FAR-1 A. besseyi asal “Ciherang“, “Inpari Sidenuk“ dan “Hibrida Prima“.  Analisis pohon filogenetika lebih lanjut mengelompokkan gen AB FAR-1 A. besseyi menjadi 2 grup, yaitu grup 1 terdiri atas gen AB FAR-1 A. besseyi asal Cina, “Sintanur“, “Hibrida Prima“ dan “Pak Tiwi“ dan grup 2 gen AB FAR-1 A. besseyi asal “Ciherang“, dan “Inpari Sidenuk“.