片段分子轨道法研究生物发光荧光素酶的发射光谱

Ayumu Tagami, Nobuhiro Ishibashi, D. Kato, Naoki Taguchi, Y. Mochizuki, Hirofumi Watanabe, Mika Ito, S. Tanaka
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摘要

片段分子轨道(FMO)法通过将生物大分子分割成片段,大幅缩短了计算时间,作为对蛋白质、DNA等整个巨大分子体系进行量子论处理的计算方法,近年来备受关注。本研究采用了其中一种方法——多层FMO (MLFMO),对萤酰磷酸化酶进行了激发态计算。计算中使用的构造有野生型(绿色发光)、橙色、红色发光的变异体共4个。对包括发光体奥西西林和活性中心的小规模体系进行计算,结果成功再现了4种结构的发光能量与实验值相关。对蛋白质的整体结构也进行了激发态计算,比较了实验值和计算值之间的差异,4种结构中最大差异为0.27eV,成功地定量再现了实验值。在本报告中,将详细描述发光色控制中的周边环境场的重要性。
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Theoretical Study on Emission Spectra of Bioluminescent Luciferases by Fragment Molecular Orbital Method
フラグメント分子軌道(FMO)法は、生体高分子をフラグメントに分割することにより計算時間を大幅に短縮し、タンパク質やDNAなどの巨大分子系全体を量子論的に扱う計算方法として近年注目を集めている。本研究ではその中の1手法である多層FMO(MLFMO)を用いて、ホタルルシフェラーゼの励起状態計算を行った。計算に用いた構造は、野生型(緑色に発光)と橙色、赤色に発光する変異体の計4つである。発光体オキシルシフェリンと活性中心を含む比較的小規模な系で計算を行い、その結果4つの構造に対する発光エネルギーを実験値と相関して再現することに成功した。タンパク質の全体構造においても励起状態計算を行い、実験値と計算値の差を比較したところ、4つの構造において最大でも0.27eVの差と、実験値を定量的に再現することにも成功した。本報告ではその詳細と、発光色制御における周辺環境場の重要性について述べる。
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Journal of Computer Aided Chemistry
Journal of Computer Aided Chemistry CHEMISTRY, MULTIDISCIPLINARY-
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A method to search the most stable reaction pathway and its application to the Pinner Pyrimidine Synthesis reaction Extended Regression Modeling of the Toxicity of Phenol Derivatives to Tetrahymena pyriformis Using the Electronic-Structure Informatics Descriptor Solvatochromism of 4-(diethylamino)-4’-nitroazobenzene: explanation based on CNDO/S calculation results Prediction of Compound Cytotoxicity Based on Compound Structures and Cell Line Molecular Characteristics [Special Issue for Honor Award dedicating to Prof Kimito Funatsu]Kimito Funatsu – Driving Force of Japanese-French Collaboration in Chemoinformatics
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