La diversité de l’écosystème microbien du tractus digestif équin

Le gros intestin (caecum et colon) des equins heberge un microbiote abondant et divers dont une fonction essentielle est la degradation et la fermentation des parois vegetales ingerees en produits directement utilisables par l’hote. Ce microbiote est compose de cinq grandes communautes microbiennes (protozoaires, bacteries, champignons, Archaea et virus) parmi lesquelles les bacteries ont ete les plus etudiees. Ces communautes sont specifiques de l’espece equine. La diversite des protozoaires comme celle des champignons et des virus a ete decrite du point de vue taxonomique mais leur implication dans les processus de digestion est mal connue. La diversite des Archaea a ete peu etudiee, pourtant leur etude permettrait de mieux evaluer la contribution de l'elevage equin a la production de gaz a effet de serre. La communaute bacterienne est diverse, appartenant majoritairement aux phyla des Firmicutes et desBacteroides, et comprend des bacteries dont les differentes fonctions (cellulolytiques, amylolytiques, glycolytiques, utilisatrices de lactate et proteolytiques) sont impliquees dans la digestion des aliments ingeres, en particulier des parois vegetales. Cette communaute bacterienne est differente entre le contenu caecal et colique d’une part, et les feces d’autre part. Des facteurs propres a l’hote (type genetique, variabilite individuelle) et/ou environnementaux (regime alimentaire, saison, exercice physique) sont susceptibles de modifier la diversite des communautes microbiennes du gros intestin equin. Ceci peut provoquer des changements importants conduisant a des desequilibres et parfois a l’apparition de pathologies (colites, fourbures).