对铁甘露酸(菠萝皮)的分子动力学模拟,以及它作为一种酪氨酸酶抑制剂对菠萝皮的导出

T. M. Fakih, Hilda Aprilia Wisnuwardhani, M. L. Dewi, Dwi Syah Fitra Ramadhan, A. Hidayat, Robby Prayitno
{"title":"对铁甘露酸(菠萝皮)的分子动力学模拟,以及它作为一种酪氨酸酶抑制剂对菠萝皮的导出","authors":"T. M. Fakih, Hilda Aprilia Wisnuwardhani, M. L. Dewi, Dwi Syah Fitra Ramadhan, A. Hidayat, Robby Prayitno","doi":"10.25077/jsfk.8.2.208-220.2021","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Enzim tirosinase merupakan enzim utama pada proses pembentukan pigmen melanin. Penghambatan aktivitas enzim tirosinase secara kompetitif maupun non-kompetitif menjadi kunci utama pengembangan agen pencerah kulit. Asam ferulat merupakan salah satu senyawa antioksidan yang kuat dan mampu melindungi kulit dari dampak buruk sinar UV yang menginduksi stress oksidatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi interaksi molekuler antara senyawa asam ferulat dari kulit buah nanas (Ananas comosus) dan turunannya dengan enzim tirosinase menggunakan motode dinamika molekuler. Molekul senyawa uji dimodelkan menggunakan perangkat lunak Quantum ESPRESSO v.6.6. Model terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Konformasi terbaik hasil penambatan molekuler kemudian dikonfirmasi stabilitasnya dengan simulasi dinamika molekuler menggunakan perangkat lunak Gromacs 2016.3. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler, senyawa asam iso-ferulat memiliki afinitas yang paling baik, yaitu dengan nilai energi bebas ikatan −25,06 kJ/mol dan memilki ikatan dengan logam seng (Zn) pada sisi aktif enzim tirosinase. Kemudian senyawa tersebut memiki stabilitas interaksi yang baik berdasarkan grafik RMSD, RMSF, Rg, SASA, RDF, dan H-Bond. Dengan demikian, senyawa asam iso-ferulat diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor kompetitif dan non-kompetitif enzim tirosinase","PeriodicalId":17687,"journal":{"name":"Jurnal Sains Farmasi & Klinis","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-08-06","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Asam Ferulat dan Turunannya dari Kulit Buah Nanas (Ananas comosus) sebagai Inhibitor Enzim Tirosinase\",\"authors\":\"T. M. Fakih, Hilda Aprilia Wisnuwardhani, M. L. Dewi, Dwi Syah Fitra Ramadhan, A. Hidayat, Robby Prayitno\",\"doi\":\"10.25077/jsfk.8.2.208-220.2021\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Enzim tirosinase merupakan enzim utama pada proses pembentukan pigmen melanin. Penghambatan aktivitas enzim tirosinase secara kompetitif maupun non-kompetitif menjadi kunci utama pengembangan agen pencerah kulit. Asam ferulat merupakan salah satu senyawa antioksidan yang kuat dan mampu melindungi kulit dari dampak buruk sinar UV yang menginduksi stress oksidatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi interaksi molekuler antara senyawa asam ferulat dari kulit buah nanas (Ananas comosus) dan turunannya dengan enzim tirosinase menggunakan motode dinamika molekuler. Molekul senyawa uji dimodelkan menggunakan perangkat lunak Quantum ESPRESSO v.6.6. Model terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Konformasi terbaik hasil penambatan molekuler kemudian dikonfirmasi stabilitasnya dengan simulasi dinamika molekuler menggunakan perangkat lunak Gromacs 2016.3. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler, senyawa asam iso-ferulat memiliki afinitas yang paling baik, yaitu dengan nilai energi bebas ikatan −25,06 kJ/mol dan memilki ikatan dengan logam seng (Zn) pada sisi aktif enzim tirosinase. Kemudian senyawa tersebut memiki stabilitas interaksi yang baik berdasarkan grafik RMSD, RMSF, Rg, SASA, RDF, dan H-Bond. Dengan demikian, senyawa asam iso-ferulat diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor kompetitif dan non-kompetitif enzim tirosinase\",\"PeriodicalId\":17687,\"journal\":{\"name\":\"Jurnal Sains Farmasi & Klinis\",\"volume\":null,\"pages\":null},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2021-08-06\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Jurnal Sains Farmasi & Klinis\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.25077/jsfk.8.2.208-220.2021\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Jurnal Sains Farmasi & Klinis","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.25077/jsfk.8.2.208-220.2021","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

甲状腺酶是黑色素形成过程中的一种主要酶。酪氨酸酶的活性抑制在竞争性和非竞争性方面都是阳光剂开发的关键。叶铁是一种强大的抗氧化剂,能够保护皮肤免受紫外线的不良影响,从而导致氧化压力。本研究旨在确定菠萝果皮(Ananas comosus)的铁素酸和它与使用分子动力学元甲酸酶(酪氨酸)产生的分子相互作用。分子化合物模型使用量子浓缩体软件v.6.6进行调制。选择最佳模型,使用MGLTools软件1.5.6进行交互研究,该软件具有4.2自动机。目前,利用2016年Gromacs软件,用分子动力学模拟证实了其最好的成分。根据分子的结果确保,iso-ferulat酸化合物有最良好的亲和力,即自由能量的价值纽带−25.06 kJ / mol和金属锌(Zn)有关系的活跃蛋白质酶的一面。然后,根据RMSD、RMSF、Rg、SASA、RDF和H-Bond的图表,该化合物具有良好的相互作用稳定性。因此,异戊二酸可以作为竞争抑制剂和非竞争性酶酶的候选人使用
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
Simulasi Dinamika Molekuler Senyawa Asam Ferulat dan Turunannya dari Kulit Buah Nanas (Ananas comosus) sebagai Inhibitor Enzim Tirosinase
Enzim tirosinase merupakan enzim utama pada proses pembentukan pigmen melanin. Penghambatan aktivitas enzim tirosinase secara kompetitif maupun non-kompetitif menjadi kunci utama pengembangan agen pencerah kulit. Asam ferulat merupakan salah satu senyawa antioksidan yang kuat dan mampu melindungi kulit dari dampak buruk sinar UV yang menginduksi stress oksidatif. Penelitian ini bertujuan untuk mengidentifikasi interaksi molekuler antara senyawa asam ferulat dari kulit buah nanas (Ananas comosus) dan turunannya dengan enzim tirosinase menggunakan motode dinamika molekuler. Molekul senyawa uji dimodelkan menggunakan perangkat lunak Quantum ESPRESSO v.6.6. Model terbaik dipilih untuk dilakukan studi interaksi menggunakan perangkat lunak MGLTools 1.5.6 yang dilengkapi dengan AutoDock 4.2. Konformasi terbaik hasil penambatan molekuler kemudian dikonfirmasi stabilitasnya dengan simulasi dinamika molekuler menggunakan perangkat lunak Gromacs 2016.3. Berdasarkan hasil dari penambatan molekuler, senyawa asam iso-ferulat memiliki afinitas yang paling baik, yaitu dengan nilai energi bebas ikatan −25,06 kJ/mol dan memilki ikatan dengan logam seng (Zn) pada sisi aktif enzim tirosinase. Kemudian senyawa tersebut memiki stabilitas interaksi yang baik berdasarkan grafik RMSD, RMSF, Rg, SASA, RDF, dan H-Bond. Dengan demikian, senyawa asam iso-ferulat diprediksi dapat digunakan sebagai kandidat inhibitor kompetitif dan non-kompetitif enzim tirosinase
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
期刊最新文献
Pengembangan Self-Nano Emulsifying System (SNES) Ekstrak Temulawak (Curcuma xanthorrhiza): Formulasi, Karakterisasi, dan Stabilitas In Vitro Cytotoxic Activity Test of Tampa Badak (Voacanga foetida (Blume) Leaves on L1210 Leukemia Desain Primer Gen 12S sRNA dari DNA Mitrokondria Babi (Sus scrofa) secara In Silico sebagai Kandidat Primer dalam Analisis Molekuler Kehalalan Produk Profil Penyimpanan Obat pada Puskesmas di Kota Padang Sumatera Barat Dendritic-Cell Specific Antigen Hiv-1: Novel Terapi Berbasis Biomolekuler sebagai Imunomodulator pada Penderita HIV Tipe 1
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1