Un pipeline instrumental et computationnel pour visualiser des particules virales de SARS-CoV-2 en suspension

E. Ferrandon, Mathis Courant, Camelia Popescu, Y. Launay, Sophie Alain, C. Lefort
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Abstract

La compréhension des modes d’actions biologiques des virus dans une cellule hôte est un sujet complexe pour lequel nous pensons que les solutions optiques pourraient apporter des éléments de réponse nouveaux. Cependant, les dimensions des particules virales sont environ 3 fois plus petites que la résolution d’un microscope optique. Nous proposons de tester une nouvelle stratégie instrumentale et computationnelle, reposant sur la microscopie multiphotonique, pour visualiser des objets dont les dimensions sont de l’ordre de quelques centaines de nanomètres. Cette stratégie repose sur la prise en compte de la réponse impulsionnelle de l’instrument (PSF pour Point Spread Function) in situ, modélisée mathématiquement. A partir de ce modèle qui prend en compte les distorsions optiques locales, un post-traitement numérique des images est appliqué en vue d’optimiser la qualité visuelle des images. Nous faisons des tests sur deux populations de virus : les Cytomégalovirus (CMV) et le SARS-CoV-2.
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可视化SARS-CoV-2悬浮病毒颗粒的仪器和计算管道
了解病毒在宿主细胞中的生物作用模式是一个复杂的课题,我们认为光学解决方案可以提供新的答案元素。然而,病毒颗粒的尺寸大约是光学显微镜分辨率的3倍。我们建议测试一种新的仪器和计算策略,基于多光子显微镜,以可视化尺寸在几百纳米量级的物体。该策略是基于对仪器原位脉冲响应(PSF)的数学建模。在该模型的基础上,考虑了局部光学畸变,对图像进行数字后处理,以优化图像的视觉质量。我们正在对两种病毒群体进行测试:巨细胞病毒(CMV)和SARS-CoV-2。
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