Contribution de la PCR à la surveillance microbiologique et épidémiologique des méningites bactériennes aiguës en Afrique : à propos de l'expérience d'un transfert de technologie réussi au centre Muraz de Bobo-Dioulasso, Burkina Faso

Abstract

Les épidémies récurrentes de méningite bactérienne aiguë (MBA) demeurent un problème majeur en Afrique subsaharienne. Les conditions d'utilisation des méthodes bactériologiques conventionnelles dans ces pays limitent leur intérêt pour le diagnostic des MBA. L'émergence récente de Neisseria meningitidis (Nm) W135 et également le nombre important de cas dus à Streptococcus pneumoniae (Sp) ont rendu nécessaire une surveillance microbiologique renforcée, en particulier par l'utilisation de la technique de réaction de polymérisation en chaîne (PCR). Nous décrivons ici le processus de son transfert au Centre Muraz à Bobo-Dioulasso, Burkina Faso.

Nous avons évalué la spécificité des amorces pour l'identification des isolats de Nm et pour la détermination de leur sérogroupe, ainsi que la performance de la PCR par rapport à la culture pour l'identification de Nm, Sp et Haemophilus influenzae (Hi). Un échantillon d'extraits d'ADN a été contrôlé à l'Institut Pasteur de Paris (IPP) pour calculer le coefficient de concordance Kappa. Le laboratoire du Centre Muraz a participé à une étude multicentrique avec plusieurs laboratoires de référence européens.

Entre avril 2002 et juin 2004, un total de 1 645 échantillons de LCR ont été testés par PCR (dont 1 455 au Centre Muraz, 190 à l'IPP) et 801 par culture ; 560 (34 %) bactéries ont été identifiées par PCR — dont 281 (50 %) Nm, 193 (34 %) Sp, 86 (15 %) Hi — contre 288 (36 %) par culture. Parmi les 560 cas confirmés par PCR, 383 cas ont bénéficié d'une culture dont seulement 263 (69 %) étaient positives. — dont 161 (56 %) Nm, 99 (34 %) Sp et 28 (10 %) Hi. Parmi les 560 cas confirmés par PCR, 383 cas ont également bénéficié d'une culture du LCR, dont seulement 263 (69 %) étaient positives. Parmi les 288 cas confirmés par culture, 283 cas ont également bénéficié d'une PCR, dont 263 (93 %) positives. La sensibilité de la PCR était respectivement de 95, 75 et 81 % pour Nm, Sp et Hi, avec une spécificité d'au moins 95 % pour les trois espèces. La spécificité des amorces crgA, siaD et mynB pour l'identification de Nm et la détermination du génogroupe correspondant était de 100 %. Le coefficient Kappa était de 0,80.

Dans les conditions actuelles en Afrique subsaharienne, nous observons que la PCR est performante et permet d'identifier davantage d'agents étiologiques des MBA par rapport à la culture. Nous recommandons son utilisation dans les laboratoires de référence régionaux pour la surveillance microbiologique renforcée en complément des analyses bactériologiques classiques. L'utilisation de cette technique contribuera à l'organisation de ripostes vaccinales ciblées et facilitera l'introduction de nouveaux vaccins dans la ceinture méningitique.

The recognition of Neisseria meningitidis (Nm) W135 and Streptococcus pneumoniae (Sp) as major causes of acute bacterial meningitis (ABM) emphasizes the need for field-based methods to rapidly and accurately determine the aetiology.

The polymerase chain reaction (PCR) technology developed at the Pasteur Institute-Paris was transferred to a reference laboratory in Bobo Dioulasso, Burkina Faso. Cerebrospinal fluid (CSF) samples were collected from suspected acute bacterial meningitis (ABM) patients from five districts in Burkina Faso and Togo.

Between april 2002 and june 2003, 1 645 CSF specimens were tested by PCR and 560 pathogens were identified including 281 Nm (50 %), 193 Sp (34 %), and 86 Haemophilus influenzae (Hi) (15 %). Compared to culture, PCR sensitivity was 95 %, 75 %, and 81 % for Nm, Sp, and Hi, respectively while specificity was ≥ 95 % for all pathogens. Of the 560 PCR-positive samples, 383 were also tested by culture and 263 (69 %) identified a pathogen; of the 288 culture-positive samples, 283 were tested by PCR and 263 (93 %) yielded a pathogen. The specificity of crgA, siaD and mynB PCR assays to identify Nm isolates and determine Nm serogroup was 100 % ; The kappa coefficient between samples tested in Burkina Faso and Paris was 0.80.

PCR for ABM can be successfully implemented in a Sub-Saharan African countries field setting and allowed identification of substantially more cases than culture alone.