Reconocimiento de rutas biosintéticas para semioquímicos mediante técnicas de aprendizaje de máquina

Abstract

En este trabajo consideramos 148 semioquímicos reportados para la familia Scarabaeidae, cuya estructura química fue caracterizada empleando un conjunto de 200 descriptores moleculares de cinco clases distintas. La selección de los descriptores más discriminantes se realizó con tres técnicas: análisis de componentes principales, por cada clase de descriptores, bosques aleatorios y Boruta-Shap, aplicados al total de descriptores. A pesar de que las tres técnicas son conceptualmente diferentes, seleccionan un número de descriptores similar de cada clase. Propusimos una combinación de técnicas de aprendizaje de máquina para buscar un patrón estructural en el conjunto de semioquímicos y posteriormente realizar la clasificación de estos. El patrón se estableció a partir de la alta pertenencia de un subconjunto de estos metabolitos a los grupos que fueron obtenidos por un método de agrupamiento basado en lógica difusa, C-means; el patrón descubierto corresponde a las rutas biosintéticas por las cuales se obtienen biológicamente. Esta primera clasificación se corroboró con el empleo de mapas autoorganizados de Kohonen. Para clasificar aquellos semioquímicos cuya pertenencia a una ruta no quedaba claramente definida, construimos dos modelos de perceptrones multicapa, los cuales tuvieron un desempeño aceptable.