Séquençage de novo de la région variable (FV) des anticorps circulants : objectif d’un logiciel de réassemblage

Abstract

L’immunité humorale est essentielle à la réponse adaptative aux infections et à leur prévention par la vaccination. La diversité des cellules productrices d’anticorps a été bien mieux étudiée que celle des anticorps proprement-dits, alors qu’ils constituent la pièce maitresse de la réponse humorale. Or, un décalage important a été récemment observé entre le répertoire des récepteurs antigéniques des lymphocytes B circulants et celui des anticorps du sérum. En permettant le séquençage de-novo d’anticorps, la protéomique en bottom-up présente de nombreux atouts pour combler cette lacune. Les clivages protéiques utilisés par cette méthode augmentent nettement la couverture de séquençage. Ceux-ci impliquent néanmoins de reconstruire a posteriori la séquence des chaines lourdes et légères des immunoglobulines et de les rapparier. Cette procédure devient rapidement complexe avec des mélanges d’anticorps, comme ceux issus du sérum. C’est pourquoi nous développons un logiciel pour évaluer le taux maximum de séquençage d’anticorps atteignable par l’approche bottom-up. Mots-Clés : Immunité humorale ; anticorps sériques ; spectrométrie de masse ; séquençage de novo ; reconstruction de séquences ; « One Health ».