A kernel integral method to remove biases in estimating trait turnover

IF 6.3 2区环境科学与生态学 Q1 ECOLOGY Methods in Ecology and Evolution Pub Date : 2024-02-22 DOI:10.1111/2041-210X.14246

Guillaume Latombe, Paul Boittiaux, Cang Hui, Melodie A. McGeoch

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在估计性状周转率时消除偏差的核积分法

性状多样性（包括性状更替）根据物种和群落的功能区分它们的作用，是生物多样性的基本组成部分。准确捕捉性状多样性对于更好地理解和预测群落组合以及全球变化对群落恢复力的影响至关重要。计算性状周转率的现有方法有其局限性。基于最小凸多边形的性状空间方法只考虑具有极端性状值的物种。基于树状图的方法考虑了所有物种，但扭曲了物种之间的性状距离。最近出现的使用复杂多边形的性状空间方法试图协调这两种方法的优点，但其目前的实施存在数学缺陷。我们提出了一种新的核积分法（KIM）来计算性状周转率，这种方法基于核密度估计值（KDE）的积分，而不是使用多面体。我们探讨了这种方法和 KDE 计算的计算方面如何影响性状周转率的估计。我们使用合理的理论预期，对大量模拟进行了比较，其中物种数量及其性状分布都得到了控制，并将新方法与现有方法进行了比较。然后，利用法属波利尼西亚太平洋群岛引进的植物物种数据演示了 KIM 的实际应用。对模拟数据的分析表明，与其他方法相比，KIM 得出的结果更符合理论预期，而且对物种总数的敏感度较低。对法属波利尼西亚数据的分析还表明，不同的方法可以得出不同的性状更替结论，因此应根据研究问题仔细考虑方法的选择。计算性状更替的方法的数学特性是需要考虑的关键，因为它们会对结果产生重要影响，从而导致不同的结论。与其他方法相比，本文提供的新型 KIM 方法生成的数值能更好地反映物种在性状空间中的分布。因此，我们建议在性状更替研究中使用 KIM。相比之下，基于树的方法应保留用于系统发育多样性的研究，因为系统发育树可以反映物种的演化过程。

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来源期刊

Methods in Ecology and Evolution ECOLOGY-

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4-8 weeks

期刊介绍： A British Ecological Society journal, Methods in Ecology and Evolution (MEE) promotes the development of new methods in ecology and evolution, and facilitates their dissemination and uptake by the research community. MEE brings together papers from previously disparate sub-disciplines to provide a single forum for tracking methodological developments in all areas. MEE publishes methodological papers in any area of ecology and evolution, including: -Phylogenetic analysis -Statistical methods -Conservation & management -Theoretical methods -Practical methods, including lab and field -This list is not exhaustive, and we welcome enquiries about possible submissions. Methods are defined in the widest terms and may be analytical, practical or conceptual. A primary aim of the journal is to maximise the uptake of techniques by the community. We recognise that a major stumbling block in the uptake and application of new methods is the accessibility of methods. For example, users may need computer code, example applications or demonstrations of methods.