Biotic and abiotic stress affects the stability of housekeeping genes in Catla Labeo catla

IF 1.5 4区农林科学 Q3 FISHERIES Journal of aquatic animal health Pub Date : 2024-12-01 DOI:10.1002/aah.10234

Arpit Acharya, Gayatri Tripathi, Kiran D. Rasal, Mujahidkhan A. Pathan, Raja Aadil Hussain Bhat, Chandana Dinakaran, R. Bharathi Rathinam

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生物胁迫和非生物胁迫影响了猫管家基因的稳定性。

目的：稳定内参基因的选择在基因表达分析中起着至关重要的作用。在大多数情况下，管家基因（HKG）的选择是相当随机的。然而，在不同的实验条件和不同的组织中，HKGs的表达是不同的。方法：在细菌攻击、缺氧、细菌攻击与缺氧联合、对照4种实验条件下，对Catla Labeo Catla - β肌动蛋白（β-actin）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）和延伸因子-1α (EF-1α) 3个内参基因进行研究。在上述实验条件下，定期采集五种组织（血、鳃、肝、肾、脾）。结果：采用实时（RT）定量聚合酶链反应（qPCR）对五种组织中的基因表达进行了研究，并通过RefFinder工具对所得到的周期阈值进行了几种统计技术的处理，以确定最稳定的HKG。结果按照内参基因的稳定性排序。在本研究中，我们发现GAPDH是最不稳定的基因，而β-actin和EF-1α在肾脏和肝脏中在各种情况下都保持稳定。其他组织显示出各种HKGs的组织和治疗特异性稳定性。结论：研究结果提示，在Catla基因表达研究中应避免使用GAPDH，并且在RT-qPCR分析中应采用不同的算法来验证HKGs的稳定性。

本文章由计算机程序翻译，如有差异，请以英文原文为准。

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Journal of aquatic animal health 农林科学-兽医学

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期刊介绍： The Journal of Aquatic Animal Health serves the international community of scientists and culturists concerned with the health of aquatic organisms. It carries research papers on the causes, effects, treatments, and prevention of diseases of marine and freshwater organisms, particularly fish and shellfish. In addition, it contains papers that describe biochemical and physiological investigations into fish health that relate to assessing the impacts of both environmental and pathogenic features.