向GISAID提交H5N1基因组的时间过长

对病毒基因组的实时监测能够发现新的变异，评估其对传染性和疾病严重程度的影响，利用新的系统发育工具估计传播率和传播途径，以及公共卫生当局做出基于证据的决策，但这需要获得及时的基因组信息。最新的基因组信息还有助于快速、协作和跨学科研究以及基于证据的公共卫生对策（例如，疫苗开发和部署）。病毒基因的改变使高致病性H5N1禽流感能够传播给数百种鸟类和哺乳动物1,2,3，导致反复发生动物到人的传播事件。包括2024年向世界卫生组织报告的72例（参考文献4）。最近的两份报告描述了加拿大和美国的严重呼吸道感染患者，他们携带的病毒具有多态性，其基因变化先前通过深度突变扫描预测，以改善与人类细胞的结合。虽然这些变化可能促进了宿主内病毒的复制，但尚未观察到H5N1在人与人之间的有效传播。但是，这可能随时发生变化。当前H5N1基因组的实时报告是至关重要的，但我们发现，从H5N1样本收集到提交给共享所有流感数据全球倡议（GISAID）病毒数据和相关元数据储存库8,9之间存在7.5个月的广泛延迟。在COVID-19大流行的早期，之前的一项研究强调了向GISAID提交SARS-CoV-2序列的漫长延迟，样本收集和提交之间平均间隔48天。这项全球分析突出了数据共享做法迅速的国家，并指出了其他落后的国家。许多国家随后改进了数据提交的管道，2024年向GISAID提交的样本从收集到提交的时间（CST）现在降至30天。例如，加拿大在大流行早期的CST为88天，但现在SARS-CoV-2序列的中位CST仅为16天。过去几年，这些显著改善有助于全球追踪COVID-19变异并监测其传播和公共卫生影响的努力。