PHÂN TÍCH in silico CÁC GENE MÃ HÓA PROTEIN SWEET Ở CÂY DỀN LẤY HẠT (Amaranthus hypochondriacus L.)

Abstract

SWEET (Sugars Will Eventually be Exported Transporter) là một trong các họ protein có chức năng vận chuyển đường quan trọng ở thực vật. Trong nghiên cứu này, 20 gene mã hóa các protein SWEET trong hệ gene cây dền lấy hạt (Amaranthus hypochondriacus L.) đã được xác định và phân tích. Chiều dài các gene này dao động từ 729 đến 9324 nucleotide và hầu hết gene có bốn hoặc năm intron. Các protein suy diễn có chiều dài từ 226 tới 311 amino acid và mang sáu hoặc bảy xoắn xuyên màng đặc trưng. Hầu hết các protein này có tính kiềm với pI 8,08–9,73. Phân tích cây phả hệ cho phép phân chia các AhSWEET thành bốn nhóm, nhóm I (ba gene), nhóm II (bảy gene), nhóm III (tám gene) và nhóm IV (hai gene). Các gene này phân bố không đồng đều trong hệ gene của cây dền lấy hạt. Mười hiện tượng nhân gene đã được phát hiện hình thành nên các cặp gene SWEET lặp ở loài cây này, trong đó chủ yếu là hiện tượng nhân gene trên toàn hệ gene. Các gene lặp trong cặp hình thành từ quá trình nhân gene chịu sự tác động của chọn lọc âm, giữ ổn định trình tự nucleotide. Kết quả của nghiên cứu này là cơ sở cho các nghiên cứu xa hơn như nghiên cứu chức năng gene hoặc cải tiến di truyền.