A. S. Shigaev, T. Feldman, V. Nadtochenko, V. Lakhno
{"title":"紫红质光异构的量子经典模型与Hahn和Stock的量子力学模型方法的比较","authors":"A. S. Shigaev, T. Feldman, V. Nadtochenko, V. Lakhno","doi":"10.17537/ICMBB18.59","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Проведён сравнительный анализ возможностей двух упрощённых математических моделей цис-транс фотоизомеризации хромофора (ретиналя) в родопсине: квантово-классического подхода и модели Хан–Стока. Квантово-класcический подход, включающий три вибронных состояния, разработан нашей группой ранее. Квантовая подсистема состоит из: (i) основного состояния молекулы родопсина, (ii) возбуждённого состояния и (iii) первичного фотопродукта в основном состоянии. Классическая подсистема включает одинаковые точечные массы; их отклонение от равновесных положений регулируется упругими константами. В традиционной квантовомеханической модели Хан–Стока, включающей два состояния, в качестве переменных взяты коллективная координата реакции и продольные колебательные моды системы двойных связей. Проведены численные исследования квантово-классической модели. Продемонстрирована ключевая роль коэффициента трения. Показано, что наилучшее соответствие экспериментам наблюдается тогда, когда диссипация основной части избыточной энергии фотовозбуждения совпадает по времени с элементарным актом фотореакции. Такой \"силовой барьер\" очень трудно учесть в квантовомеханическом подходе Хан–Стока. Таким образом, квантово-классическое моделирование открывает большие возможности в плане исследований механизма фотореакции в родопсине.","PeriodicalId":168323,"journal":{"name":"Proceedings of the International Conference \"Mathematical Biology and Bioinformatics\"","volume":"29 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2018-11-07","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Comparison of quantum-classical model of rhodopsin photoisomerization with a quantum-mechanical model approach of Hahn and Stock\",\"authors\":\"A. S. Shigaev, T. Feldman, V. Nadtochenko, V. Lakhno\",\"doi\":\"10.17537/ICMBB18.59\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Проведён сравнительный анализ возможностей двух упрощённых математических моделей цис-транс фотоизомеризации хромофора (ретиналя) в родопсине: квантово-классического подхода и модели Хан–Стока. Квантово-класcический подход, включающий три вибронных состояния, разработан нашей группой ранее. Квантовая подсистема состоит из: (i) основного состояния молекулы родопсина, (ii) возбуждённого состояния и (iii) первичного фотопродукта в основном состоянии. Классическая подсистема включает одинаковые точечные массы; их отклонение от равновесных положений регулируется упругими константами. В традиционной квантовомеханической модели Хан–Стока, включающей два состояния, в качестве переменных взяты коллективная координата реакции и продольные колебательные моды системы двойных связей. Проведены численные исследования квантово-классической модели. Продемонстрирована ключевая роль коэффициента трения. Показано, что наилучшее соответствие экспериментам наблюдается тогда, когда диссипация основной части избыточной энергии фотовозбуждения совпадает по времени с элементарным актом фотореакции. Такой \\\"силовой барьер\\\" очень трудно учесть в квантовомеханическом подходе Хан–Стока. Таким образом, квантово-классическое моделирование открывает большие возможности в плане исследований механизма фотореакции в родопсине.\",\"PeriodicalId\":168323,\"journal\":{\"name\":\"Proceedings of the International Conference \\\"Mathematical Biology and Bioinformatics\\\"\",\"volume\":\"29 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2018-11-07\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Proceedings of the International Conference \\\"Mathematical Biology and Bioinformatics\\\"\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.17537/ICMBB18.59\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Proceedings of the International Conference \"Mathematical Biology and Bioinformatics\"","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.17537/ICMBB18.59","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
Comparison of quantum-classical model of rhodopsin photoisomerization with a quantum-mechanical model approach of Hahn and Stock
Проведён сравнительный анализ возможностей двух упрощённых математических моделей цис-транс фотоизомеризации хромофора (ретиналя) в родопсине: квантово-классического подхода и модели Хан–Стока. Квантово-класcический подход, включающий три вибронных состояния, разработан нашей группой ранее. Квантовая подсистема состоит из: (i) основного состояния молекулы родопсина, (ii) возбуждённого состояния и (iii) первичного фотопродукта в основном состоянии. Классическая подсистема включает одинаковые точечные массы; их отклонение от равновесных положений регулируется упругими константами. В традиционной квантовомеханической модели Хан–Стока, включающей два состояния, в качестве переменных взяты коллективная координата реакции и продольные колебательные моды системы двойных связей. Проведены численные исследования квантово-классической модели. Продемонстрирована ключевая роль коэффициента трения. Показано, что наилучшее соответствие экспериментам наблюдается тогда, когда диссипация основной части избыточной энергии фотовозбуждения совпадает по времени с элементарным актом фотореакции. Такой "силовой барьер" очень трудно учесть в квантовомеханическом подходе Хан–Стока. Таким образом, квантово-классическое моделирование открывает большие возможности в плане исследований механизма фотореакции в родопсине.