紫红质光异构的量子经典模型与Hahn和Stock的量子力学模型方法的比较

A. S. Shigaev, T. Feldman, V. Nadtochenko, V. Lakhno
{"title":"紫红质光异构的量子经典模型与Hahn和Stock的量子力学模型方法的比较","authors":"A. S. Shigaev, T. Feldman, V. Nadtochenko, V. Lakhno","doi":"10.17537/ICMBB18.59","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Проведён сравнительный анализ возможностей двух упрощённых математических моделей цис-транс фотоизомеризации хромофора (ретиналя) в родопсине: квантово-классического подхода и модели Хан–Стока. Квантово-класcический подход, включающий три вибронных состояния, разработан нашей группой ранее. Квантовая подсистема состоит из: (i) основного состояния молекулы родопсина, (ii) возбуждённого состояния и (iii) первичного фотопродукта в основном состоянии. Классическая подсистема включает одинаковые точечные массы; их отклонение от равновесных положений регулируется упругими константами. В традиционной квантовомеханической модели Хан–Стока, включающей два состояния, в качестве переменных взяты коллективная координата реакции и продольные колебательные моды системы двойных связей. Проведены численные исследования квантово-классической модели. Продемонстрирована ключевая роль коэффициента трения. Показано, что наилучшее соответствие экспериментам наблюдается тогда, когда диссипация основной части избыточной энергии фотовозбуждения совпадает по времени с элементарным актом фотореакции. Такой \"силовой барьер\" очень трудно учесть в квантовомеханическом подходе Хан–Стока. Таким образом, квантово-классическое моделирование открывает большие возможности в плане исследований механизма фотореакции в родопсине.","PeriodicalId":168323,"journal":{"name":"Proceedings of the International Conference \"Mathematical Biology and Bioinformatics\"","volume":"29 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2018-11-07","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Comparison of quantum-classical model of rhodopsin photoisomerization with a quantum-mechanical model approach of Hahn and Stock\",\"authors\":\"A. S. Shigaev, T. Feldman, V. Nadtochenko, V. Lakhno\",\"doi\":\"10.17537/ICMBB18.59\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Проведён сравнительный анализ возможностей двух упрощённых математических моделей цис-транс фотоизомеризации хромофора (ретиналя) в родопсине: квантово-классического подхода и модели Хан–Стока. Квантово-класcический подход, включающий три вибронных состояния, разработан нашей группой ранее. Квантовая подсистема состоит из: (i) основного состояния молекулы родопсина, (ii) возбуждённого состояния и (iii) первичного фотопродукта в основном состоянии. Классическая подсистема включает одинаковые точечные массы; их отклонение от равновесных положений регулируется упругими константами. В традиционной квантовомеханической модели Хан–Стока, включающей два состояния, в качестве переменных взяты коллективная координата реакции и продольные колебательные моды системы двойных связей. Проведены численные исследования квантово-классической модели. Продемонстрирована ключевая роль коэффициента трения. Показано, что наилучшее соответствие экспериментам наблюдается тогда, когда диссипация основной части избыточной энергии фотовозбуждения совпадает по времени с элементарным актом фотореакции. Такой \\\"силовой барьер\\\" очень трудно учесть в квантовомеханическом подходе Хан–Стока. Таким образом, квантово-классическое моделирование открывает большие возможности в плане исследований механизма фотореакции в родопсине.\",\"PeriodicalId\":168323,\"journal\":{\"name\":\"Proceedings of the International Conference \\\"Mathematical Biology and Bioinformatics\\\"\",\"volume\":\"29 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2018-11-07\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Proceedings of the International Conference \\\"Mathematical Biology and Bioinformatics\\\"\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.17537/ICMBB18.59\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Proceedings of the International Conference \"Mathematical Biology and Bioinformatics\"","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.17537/ICMBB18.59","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

对染色体(网状)染色体异构化(网状)的两种简化数学模型的可能性进行了比较:量子经典方法和哈恩-斯托克模型。量子-阶级方法,包括三种振动状态,是我们小组之前开发的。量子子系统由:(i)紫质分子的基本状态,(ii)激发态和(iii)主光电产品组成。经典子系统包含相同的点质量;它们偏离平衡的位置是由弹性常数控制的。在传统量子力学模型中,韩寒有两种状态,包括反应坐标和双耦合系统的纵向波动模式作为变量。对量子经典模型进行了数值研究。摩擦系数的关键作用已经被证明。实验的最佳匹配是,当光电激发的大部分剩余能量与基本的光电反应行为相矛盾时。在韩寒-斯托克的量子力学方法中,这种“力障”很难解释。因此,量子经典建模为研究紫红蛋白光反应机制提供了巨大的可能性。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
Comparison of quantum-classical model of rhodopsin photoisomerization with a quantum-mechanical model approach of Hahn and Stock
Проведён сравнительный анализ возможностей двух упрощённых математических моделей цис-транс фотоизомеризации хромофора (ретиналя) в родопсине: квантово-классического подхода и модели Хан–Стока. Квантово-класcический подход, включающий три вибронных состояния, разработан нашей группой ранее. Квантовая подсистема состоит из: (i) основного состояния молекулы родопсина, (ii) возбуждённого состояния и (iii) первичного фотопродукта в основном состоянии. Классическая подсистема включает одинаковые точечные массы; их отклонение от равновесных положений регулируется упругими константами. В традиционной квантовомеханической модели Хан–Стока, включающей два состояния, в качестве переменных взяты коллективная координата реакции и продольные колебательные моды системы двойных связей. Проведены численные исследования квантово-классической модели. Продемонстрирована ключевая роль коэффициента трения. Показано, что наилучшее соответствие экспериментам наблюдается тогда, когда диссипация основной части избыточной энергии фотовозбуждения совпадает по времени с элементарным актом фотореакции. Такой "силовой барьер" очень трудно учесть в квантовомеханическом подходе Хан–Стока. Таким образом, квантово-классическое моделирование открывает большие возможности в плане исследований механизма фотореакции в родопсине.
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
期刊最新文献
On the conformational preferences of 2-selenouridine and its derivatives Analysis of Steller's Sea Eagle reproduction efficiency on Sakhalin Island using Generalized Linear Mixed Models (GLMM) Bioinformatic analysis of a new class III bacteriocin from L. fermentum 3872 Disrupting of a polaron with different thermostat simulations Modern theories of consciousness, materialistic and macroscopic one
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1