SAM与ATP识别基序的结构相似性及SAM结合DNA甲基转移酶中ATP结合的检测

IF 2.7 Q3 BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY Current Research in Structural Biology Pub Date : 2023-11-01 DOI:10.1016/j.crstbi.2023.100108
Santhosh Sankar , Preeti Preeti , Kavya Ravikumar , Amrendra Kumar , Yedu Prasad , Sukriti Pal , Desirazu N. Rao , Handanahal S. Savithri , Nagasuma Chandra
{"title":"SAM与ATP识别基序的结构相似性及SAM结合DNA甲基转移酶中ATP结合的检测","authors":"Santhosh Sankar , Preeti Preeti , Kavya Ravikumar , Amrendra Kumar , Yedu Prasad , Sukriti Pal , Desirazu N. Rao , Handanahal S. Savithri , Nagasuma Chandra","doi":"10.1016/j.crstbi.2023.100108","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"","PeriodicalId":10870,"journal":{"name":"Current Research in Structural Biology","volume":"6 ","pages":""},"PeriodicalIF":2.7000,"publicationDate":"2023-11-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665928X23000144/pdfft?md5=58c2a7698f99ec6ba39e7a85575af79a&pid=1-s2.0-S2665928X23000144-main.pdf","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Structural similarities between SAM and ATP recognition motifs and detection of ATP binding in a SAM binding DNA methyltransferase\",\"authors\":\"Santhosh Sankar , Preeti Preeti , Kavya Ravikumar , Amrendra Kumar , Yedu Prasad , Sukriti Pal , Desirazu N. Rao , Handanahal S. Savithri , Nagasuma Chandra\",\"doi\":\"10.1016/j.crstbi.2023.100108\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"\",\"PeriodicalId\":10870,\"journal\":{\"name\":\"Current Research in Structural Biology\",\"volume\":\"6 \",\"pages\":\"\"},\"PeriodicalIF\":2.7000,\"publicationDate\":\"2023-11-01\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665928X23000144/pdfft?md5=58c2a7698f99ec6ba39e7a85575af79a&pid=1-s2.0-S2665928X23000144-main.pdf\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Current Research in Structural Biology\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665928X23000144\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"Q3\",\"JCRName\":\"BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Current Research in Structural Biology","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2665928X23000144","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q3","JCRName":"BIOCHEMISTRY & MOLECULAR BIOLOGY","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0

摘要

s -腺苷蛋氨酸(SAM)是一种普遍存在的辅助因子,作为甲基化反应的供体,并且在各种其他生化反应中还作为其他官能团(如氨基和核糖基)的供体。这种功能上的多功能性是由于SAM能够被多种不同序列和结构折叠的蛋白质分子识别。为了了解是什么导致了不同蛋白质中特定的SAM结合,我们开始研究它们的结合位点是否存在任何结构模式。通过全对比较和聚类对SAM结合位点的结构进行综合分析,发现存在4种不同的位点类型,其中只有一种得到了充分的研究。对于每种位点类型,我们破译了不同蛋白质识别SAM所涉及的共同最小原则,并推导出SAM结合特征的结构基序。在SAM位点中,氨基酸精确三维排列的结构基序的存在似乎是独立进化的,表明这些是赢得SAM识别的残基排列。此外,我们发现其中一种SAM位点类型与一种已知的ATP结合位点类型之间存在高度相似性。我们通过体外实验证明,已知的SAM结合蛋白HpyAII。M1是一种2型甲基转移酶,可以结合并水解ATP。我们发现了共同的结构基序,解释了这一点,进一步支持通过定点诱变。在具有不同序列和结构折叠的多个蛋白质家族中,观察到结合两种最普遍的配体的相似基序,在分子水平上为趋同进化提供了令人信服的证据。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。

摘要图片

查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
Structural similarities between SAM and ATP recognition motifs and detection of ATP binding in a SAM binding DNA methyltransferase
求助全文
通过发布文献求助,成功后即可免费获取论文全文。 去求助
来源期刊
CiteScore
4.60
自引率
0.00%
发文量
33
审稿时长
104 days
期刊最新文献
AI-based quality assessment methods for protein structure models from cryo-EM An easy-to-use three-dimensional protein-structure-prediction online platform "DPL3D" based on deep learning algorithms In silico approaches for developing sesquiterpene derivatives as antagonists of human nicotinic acetylcholine receptors (nAChRs) for nicotine addiction treatment Editorial Board Table of Contents
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1