研究论文: 蛋白质解折叠的拉伸分子动力学模拟效率优化

南京大学郑鹏团队研究了使用GROMACS进行拉伸分子动力学模拟（SMD）的最佳硬件配置。研究表明，八核中央处理器（CPU）与一块图形处理器（GPU）的配置能提供最高效的性能。具有更高频率的CPU和更强FP32计算能力的GPU可以显著提升模拟效果。此外，模拟体系原子数与模拟效率呈负相关，体系原子数小于1.2×10^7时这种相关性较为明显。该研究为未来利用分子动力学研究更复杂的高分子力学行为提供了重要信息。