R语言 | 计算微生物群落alpha多样性及其可视化​环境驱动因子

本文介绍了如何使用R语言计算微生物群落的alpha多样性，并对其进行可视化分析。文章首先加载了多个R包，包括ggplot2、vegan、randomForest等，用于数据处理和分析。接着，作者通过构建细菌、真菌、古菌和原生生物的数据集，计算了Shannon指数，并使用ggplot2包绘制了多样性指数的箱线图。随后，文章进行了Spearman相关分析，以评估环境因子与多样性指数之间的关系。最后，作者使用randomForest包计算了环境因子的贡献重要性，并通过ggplot2包生成了相关的热图和散点图。整个分析过程展示了R语言在微生物生态学研究中的强大功能和灵活性。