Science｜通过结构域分类探究蛋白质宇宙的结构多样性

本文介绍了伦敦大学学院David T. Jones课题组利用深度学习方法对AlphaFold蛋白结构数据库（AFDB）中的蛋白质结构进行结构域检测和划分，构建了“结构域百科全书（TED）”。研究共检测到3.65亿个结构域，比基于序列的方法多出1亿个，其中77%的非冗余结构域与已知超家族相似。研究还发现了超过1万个新的超家族间结构相互作用和上千个新折叠。通过CATH分类框架，研究进一步分析了这些结构域的分布和相互作用，揭示了蛋白质折叠空间的新“暗区”。该研究不仅扩展了结构域空间的代表性，还为结构与功能之间的关联研究提供了新的线索。