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文献分享 ｜Science Advance｜SpaTopic：用于从空间转录组数据中探索肿瘤空间结构的统计学习框架

杨朝勇课题组 2024-11-27 08:30
文章摘要
本文介绍了一种名为SpaTopic的统计学习框架，该框架通过整合单细胞转录组数据与空间转录组数据，实现了空间spot聚类与细胞类型解卷积的统一。文章背景介绍了肿瘤微环境（TME）中肿瘤组织的复杂空间结构，以及空间转录组学在揭示TME细胞和分子层级空间结构上的潜力。研究目的在于提出一种新的统计学习方法，通过主题建模揭示复杂组织中的空间功能单元。结论部分展示了SpaTopic在胰腺导管癌、原发性肝癌和结直肠癌等肿瘤类型中的应用，证明了其在识别肿瘤微环境中的特定功能区域和预测三级淋巴结构方面的有效性。
文献分享 ｜Science Advance｜SpaTopic：用于从空间转录组数据中探索肿瘤空间结构的统计学习框架
查看文献： SpaTopic: A statistical learning framework for exploring tumor spatial architecture from spatially resolved transcriptomic data
查看期刊：Science Advances
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