Science | 靶向条件扩散设计强效的TNFR超家族拮抗剂和激动剂

本文探讨了使用RFdiffusion和部分扩散方法设计高亲和力、高特异性的TNFR超家族拮抗剂和激动剂。研究背景在于传统蛋白质设计方法在结合表面积和形状匹配上的限制，特别是对于表面平坦、缺乏凹陷的靶标如TNFR1。研究目的是通过直接从随机残基分布生成蛋白质，克服这些限制，提高设计的成功率。实验结果显示，通过部分扩散方法，能够显著提升结合剂的亲和力，如TNFR1_mb2_pd1对单体TNFR1的亲和力达到<10pM。此外，该方法还能设计出对其他TNFR家族成员具有特异性的结合剂，展示了其在治疗上的潜力。结论是，结合RFdiffusion和部分扩散的方法，能够有效设计出针对挑战性药物靶标的高效结合剂，且实验成功率高于传统设计流程。