Nat Genet | 杨宁/胡晓湘等合作构建鸡的多组织基因表达遗传调控图谱

该研究通过整合来自7015个样本的bulk RNA-seq，127598个单细胞的RNA-seq和2869个全基因组重测序数据，基于28个组织构建了鸡多组织遗传调控图谱。研究识别了数百万个影响转录和转录后过程的调控变异，强调了这些调控变异独特的分子机制以及对于复杂性状解析的重要作用，为鸡以及鸟类的基因功能和复杂性状的解析提供了非常宝贵的数据资源。研究还分析了大脑、肝脏、肌肉和脾脏等组织中eQTL在不同品种之间的共享模式，结果显示平均81%的eQTL在不同品种之间得到了复制。此外，研究还进行了性别互作eQTL和转录因子eQTL分析，并系统地整合了molQTL与GWAS的结果。ChickenGTEx项目提供了一个全面的资源，涵盖了28种组织中五种转录标记的遗传调控效应，深入揭示了遗传变异在转录组中的调控模式及其对复杂表型的影响。