bioRxiv｜澳门理工大学姚小军/浙江大学侯廷军等：为评估AF3预测蛋白质-肽复合物能力而开发的综合基准框架

背景：肽介导高达40%的蛋白质-蛋白质相互作用，具有高特异性，能够靶向小分子无法接近的结合位点，使其成为药物开发中的候选药物。精确建模蛋白质-肽复合物对于理解基本生物学过程和推进基于肽的药物设计至关重要。研究目的：澳门理工大学姚小军、浙江大学侯廷军团队推出了PepPCBench，这是一个专门为评估AF3预测蛋白质-肽复合物能力而开发的综合基准框架。结论：基准测试结果表明，AF3在预测准确度和结构验证方面优于其他PFNN。然而，其性能对于实际的肽类药物研发而言仍然不足，仍有改进空间。PepPCBench有望为增强蛋白质-肽复合物结构预测和肽类药物研发提供重要见解。