清华大学张强锋/北京301医院冯长江团队《Cell systems》：开发单细胞多组学联合分析方法Parallel-seq

清华大学张强锋团队与北京301医院冯长江团队合作开发了一种名为Parallel-seq的单细胞多组学联合分析方法，该方法能够在同一个单细胞中同步测量基因表达和染色质可及性。Parallel-seq结合了组合条形码标记与微液滴测序技术，显著提升了实验效率和通量，同时降低了成本。研究团队将该技术应用于40例人类肺癌临床样本，获得了超过20万个高质量单细胞的联合组学图谱。研究揭示了肺癌微环境中复杂的细胞组成，识别出多种细胞群体和T细胞亚型，并发现了与肺癌进展密切相关的拷贝数变异事件及侵袭性肿瘤细胞亚克隆。此外，研究还构建了细胞类型特异性增强子-靶基因互作图谱，揭示了多种免疫和肿瘤关键基因可能受到特异性增强子的调控。Parallel-seq为单细胞水平下系统解析基因表达与染色质状态的调控关系提供了高通量、低成本且具扩展性的新工具，未来有望拓展至更多疾病模型和组织类型。