Studi molecular docking senyawa diterpen abieten terhadapenzim protease utama (mpro) virus corona

H. Y. Teruna, Kamal Rullah, Fajri Khatami
{"title":"Studi molecular docking senyawa diterpen abieten terhadapenzim protease utama (mpro) virus corona","authors":"H. Y. Teruna, Kamal Rullah, Fajri Khatami","doi":"10.35617/jfionline.v12i2.68","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Coronavirus disease atau Covid-19 merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh virus corona jenis baru yaitu SARS-CoV-2. Penyakit ini pertama kali ditemukan di Wuhan, China dan saat ini telah menjadi pandemi yang sudah menyebar hampir ke seluruh negara di dunia. Salah satu enzim yang berperan penting dalam memediasi replikasi dan transkripsi pada virus SARS-CoV-2 adalah enzim protease utama (Mpro). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan senyawa yang berpotensial menginhibisi enzim protease utama (Mpro) virus corona (PDB ID: 6LU7 dan 2GTB) melalui studi molecular docking pada senyawa turunan diterpen abieten. Studi molecular docking dilakukan menggunakan perangkat lunak Autodock4 dan divisualisasi menggunakan PyMOL dan Discovery studio. Validasi metode atau redocking menunjukkan akurasi yang baik dengan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) sebesar 1,85 Å pada enzim 6LU7 dan 1,92 Å pada enzim 2GTB. Studi molecular docking enzim 6LU7 pada 3 senyawa turunan diterpen abieten (6-asetil7-hidroksiroileanon, 7-hidroksiroileanon dan diterpenoid glukosida (CH-6)) menunjukkan nilai energi ikatan masing-masing sebesar -9,07; -8,22 dan 7,94 kcal/mol, pada enzim 2GTB menunjukkan nilai -9,54;          -9,14; -8,26 kcal/mol. Hasil ini menunjukkan senyawa 6-asetil7-hidroksiroileanon dan 7-hidroksiroileanon memiliki afinitas lebih kuat terhadap enzim protease utama (Mpro) dan enzim peptidase utama dibandingkan dengan kontrol positif yang mempunyai energi ikatan sebesar -7.38 dan -7,97 kcal/mol. Selain itu, senyawa yang memiliki afinitas paling kuat yaitu 6-asetil7-hidroksiroileanon memiliki 6 ikatan hidrogen yang sama dengan ligan asli dalam situs aktif enzim protease utama (Mpro). Sehingga, diprediksi senyawa 6-asetil7-hidroksiroileanon mampu dijadikan sebagai inhibitor pada enzim protease utama (Mpro) Covid-19 maupun pada enzim peptidase utama SARS-CoV dari strain sebelumnya.","PeriodicalId":170986,"journal":{"name":"JFIOnline | Print ISSN 1412-1107 | e-ISSN 2355-696X","volume":"15 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2020-07-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"JFIOnline | Print ISSN 1412-1107 | e-ISSN 2355-696X","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.35617/jfionline.v12i2.68","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 1

Abstract

Coronavirus disease atau Covid-19 merupakan suatu penyakit yang disebabkan oleh virus corona jenis baru yaitu SARS-CoV-2. Penyakit ini pertama kali ditemukan di Wuhan, China dan saat ini telah menjadi pandemi yang sudah menyebar hampir ke seluruh negara di dunia. Salah satu enzim yang berperan penting dalam memediasi replikasi dan transkripsi pada virus SARS-CoV-2 adalah enzim protease utama (Mpro). Penelitian ini bertujuan untuk menemukan senyawa yang berpotensial menginhibisi enzim protease utama (Mpro) virus corona (PDB ID: 6LU7 dan 2GTB) melalui studi molecular docking pada senyawa turunan diterpen abieten. Studi molecular docking dilakukan menggunakan perangkat lunak Autodock4 dan divisualisasi menggunakan PyMOL dan Discovery studio. Validasi metode atau redocking menunjukkan akurasi yang baik dengan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD) sebesar 1,85 Å pada enzim 6LU7 dan 1,92 Å pada enzim 2GTB. Studi molecular docking enzim 6LU7 pada 3 senyawa turunan diterpen abieten (6-asetil7-hidroksiroileanon, 7-hidroksiroileanon dan diterpenoid glukosida (CH-6)) menunjukkan nilai energi ikatan masing-masing sebesar -9,07; -8,22 dan 7,94 kcal/mol, pada enzim 2GTB menunjukkan nilai -9,54;          -9,14; -8,26 kcal/mol. Hasil ini menunjukkan senyawa 6-asetil7-hidroksiroileanon dan 7-hidroksiroileanon memiliki afinitas lebih kuat terhadap enzim protease utama (Mpro) dan enzim peptidase utama dibandingkan dengan kontrol positif yang mempunyai energi ikatan sebesar -7.38 dan -7,97 kcal/mol. Selain itu, senyawa yang memiliki afinitas paling kuat yaitu 6-asetil7-hidroksiroileanon memiliki 6 ikatan hidrogen yang sama dengan ligan asli dalam situs aktif enzim protease utama (Mpro). Sehingga, diprediksi senyawa 6-asetil7-hidroksiroileanon mampu dijadikan sebagai inhibitor pada enzim protease utama (Mpro) Covid-19 maupun pada enzim peptidase utama SARS-CoV dari strain sebelumnya.
查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
冠状动脉病毒或Covid-19是一种由一种叫做SARS-CoV-2的新型日冕病毒引起的疾病。这种疾病最初是在中国武汉发现的,目前已成为一场几乎遍及世界各地的流行病。SARS-CoV-2病毒中对复制和转录起重要作用的酶之一是主要的蛋磷酶(Mpro)。该研究的目的是发现一种可能通过对递菌素衍生物测定的分子试验而对日冕病毒(gdp ID: 6LU7和2GTB)进行分子试验的化合物。分子对接研究是使用自动计算机软件进行的,并用PyMOL和Discovery studio进行分级分析。方法验证或redocking的验证结果很好,其根均值为6LU7酶的1.85 A, 2GTB酶的1.92 A。对苯基甲基十三种导体中的分子对接酶6LU7的研究表明,两种联结的能量值为- 9.07;- 8.22和7.94 k卡尔/摩尔,2GTB酶的值为- 9.54;-9,14;-8,26 kcal / mol。这一结果显示,6-乙酰水合物和7-羟基乙酸酶与抑制酶相比,对主要蛋白酶和肽酶的亲和力强得多。此外,与主要活化酶(Mpro)活性位点中使用的原配体与原配体相同的化合物6个氢键。因此,可预测的化合物6-乙酰水合物可以作为前期蛋白酶(mpvid)和主多肽酶SARS-CoV的抑制剂。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
求助全文
约1分钟内获得全文 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
期刊最新文献
Overview of Antipsycotic Using on Schizophrenic Patients in Hospitals Indramayu City HUBUNGAN TINGKAT PENGETAHUAN DENGAN PERILAKU PENGGUNAAN TABLET HISAP ANTIBIOTIK PADA MASYARAKAT KECAMATAN BEKASI SELATAN Aktivitas Antibakteri dan Antijamur Fraksi Etil Asetat Kulit Buah Jeruk Manis (Citrus sinensis (L.) Osbeck) HUBUNGAN TINGKAT PENGETAHUAN OBAT GASTRITIS YANG DIIKLANKAN DI TELEVISI TERHADAP PERILAKU SWAMEDIKASI MASYARAKAT DI APOTEK SE-KECAMATAN BANGKINANG KOTA PROVINSI RIAU UJI AKTIVITAS ANTIOKSIDAN DAN TABIR SURYA EKSTRAK ETANOL DAN FRAKSI DAUN TERAP (Artocarpus odoratissimus Blanco)
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1