‘Candidatus Phytoplasma solani’ (Subgroup 16SrXII-A) Associated with Nicotiana tabacum Leaf Abnormality in Turkey

Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi Pub Date : 2022-04-27 DOI:10.33462/jotaf.1028263

Filiz Randa Zelyüt, A. I. Santosa, A. Karanfil

{"title":"‘Candidatus Phytoplasma solani’ (Subgroup 16SrXII-A) Associated with Nicotiana tabacum Leaf Abnormality in Turkey","authors":"Filiz Randa Zelyüt, A. I. Santosa, A. Karanfil","doi":"10.33462/jotaf.1028263","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Tütün (Nicotiana tabacum) Türkiye’de katma değeri en yüksek tarımsal ürünler arasında yer almaktadır. İnsan sağlığına olan olumsuz etkileri ile sıklıkla gündeme gelmesinin yanı sıra, kırsal alanlarda oluşturduğu iş gücü ile de Türk ekonomisine önemli katkılar sunmakta ve stratejik bir ürün olma özelliğini devam ettirmektedir. Ülkemiz için büyük öneme sahip bu bitkinin üretiminin sosyolojik ve ekonomik önemi ile gerçekleştirilmiş çok sayıda lisansüstü tez ve çalışma mevcuttur. Ancak, Türkiye tütün üretim alanlarında bitki hastalıkları ile ilgili olarak gerçekleştirilmiş son derece sınırlı sayıda çalışma vardır. Tütünlerde verim kaybına neden olan önemli bitki patojenlerinden bir tanesi de fitoplazmadır. Tütün fitoplazma hastalıklarına ilişkin mevcut veriler dünya çapında çok az olduğundan dolayı, Çanakkale ve Balıkesir illerinde tütün ekim alanlarında sarımsı renk değişiklikleri, yaprak kabarcıkları, proliferasyon, cücelik ve diğer fiziksel anormallikler gibi fitoplazmaların neden olduğu semptomlar gösteren örneklerin toplanması için Haziran-Ağustos 2021 tarihleri arasında Türkiye'nin Çanakkale ve Balıkesir illerinde saha araştırmaları yapılmıştır. Altı örnekte fitoplazmaların varlığı, tütün semptomlarıyla ilişkili patojeni de öneren evrensel fitoplazma primer setleri kullanılarak nested-PCR ile 16S ribozomal DNA amplifikasyonu ile doğrulanmıştır. Filogenetik analizler ve AluI ve MseI endonükleaz enzimlerini kullanılarak uygulanan sanal-RFLP analizleri bu izolatların 16SrXII ‘‘Candidatus Phytoplasma solani’’(Stolbur) grubu ve 16SrXII-A altgrubu strainleri ile %99'dan fazla nükleotid dizi özdeşliğine sahip olduğunu göstermiştir. Genetik mesafe analizi, filogenetik ağaçta kümelenen gruplarla uyumlu olarak, grup 16SrI'nin 16SrXII ile 16SrVI'dan daha yakından ilişkili olduğunu göstermiştir. Tarafsızlık testleri ile, 16SrI ve 16SrXII gruplarının, muhtemelen 16S rRNA gen fragmentinde yeni mutasyonlar nedeniyle genişleyen veya darboğaz seçimlerinden geçtiğini göstermiştir. Ayrıca, 16SrVI popülasyonlarının uzun bir süredir evrimleştiğini gösteren dengeleme seçimlerinden geçtiği gösterilmiştir.","PeriodicalId":387927,"journal":{"name":"Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2022-04-27","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"2","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Tekirdağ Ziraat Fakültesi Dergisi","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.33462/jotaf.1028263","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}

引用次数: 2

Abstract

Tütün (Nicotiana tabacum) Türkiye’de katma değeri en yüksek tarımsal ürünler arasında yer almaktadır. İnsan sağlığına olan olumsuz etkileri ile sıklıkla gündeme gelmesinin yanı sıra, kırsal alanlarda oluşturduğu iş gücü ile de Türk ekonomisine önemli katkılar sunmakta ve stratejik bir ürün olma özelliğini devam ettirmektedir. Ülkemiz için büyük öneme sahip bu bitkinin üretiminin sosyolojik ve ekonomik önemi ile gerçekleştirilmiş çok sayıda lisansüstü tez ve çalışma mevcuttur. Ancak, Türkiye tütün üretim alanlarında bitki hastalıkları ile ilgili olarak gerçekleştirilmiş son derece sınırlı sayıda çalışma vardır. Tütünlerde verim kaybına neden olan önemli bitki patojenlerinden bir tanesi de fitoplazmadır. Tütün fitoplazma hastalıklarına ilişkin mevcut veriler dünya çapında çok az olduğundan dolayı, Çanakkale ve Balıkesir illerinde tütün ekim alanlarında sarımsı renk değişiklikleri, yaprak kabarcıkları, proliferasyon, cücelik ve diğer fiziksel anormallikler gibi fitoplazmaların neden olduğu semptomlar gösteren örneklerin toplanması için Haziran-Ağustos 2021 tarihleri arasında Türkiye'nin Çanakkale ve Balıkesir illerinde saha araştırmaları yapılmıştır. Altı örnekte fitoplazmaların varlığı, tütün semptomlarıyla ilişkili patojeni de öneren evrensel fitoplazma primer setleri kullanılarak nested-PCR ile 16S ribozomal DNA amplifikasyonu ile doğrulanmıştır. Filogenetik analizler ve AluI ve MseI endonükleaz enzimlerini kullanılarak uygulanan sanal-RFLP analizleri bu izolatların 16SrXII ‘‘Candidatus Phytoplasma solani’’(Stolbur) grubu ve 16SrXII-A altgrubu strainleri ile %99'dan fazla nükleotid dizi özdeşliğine sahip olduğunu göstermiştir. Genetik mesafe analizi, filogenetik ağaçta kümelenen gruplarla uyumlu olarak, grup 16SrI'nin 16SrXII ile 16SrVI'dan daha yakından ilişkili olduğunu göstermiştir. Tarafsızlık testleri ile, 16SrI ve 16SrXII gruplarının, muhtemelen 16S rRNA gen fragmentinde yeni mutasyonlar nedeniyle genişleyen veya darboğaz seçimlerinden geçtiğini göstermiştir. Ayrıca, 16SrVI popülasyonlarının uzun bir süredir evrimleştiğini gösteren dengeleme seçimlerinden geçtiği gösterilmiştir.

查看原文