EVALUATING THE UTILITY OF EXTERNAL TRANSCRIBED SPACER (ETS) AND INTERNAL TRANSCRIBED SPACER SEQUENCES (ITS) FOR PHYLOGENETIC ANALYSES OF Litsea Lam. (Lauraceae) AND RELATED GENERA

Abstract

Referensi tentang hubungan filogenetik marga Litsea dan marga-marga yang berkerabat dekat masih terbatas. Pohon molekuler yang dihasilkan berdasarkan sekuens External Transcribed Spacer (ETS) dan Internal Transcribed Spacers (ITS) dari studi sebelumnya memperlihatkan topologi pohon yang berbeda dan beberapa klaster yang tidak memiliki nilai dukung atau nilai dukung rendah. Karena itu perlu dilakukan evaluasi penggunaan ETS wilayah DNA ribosom inti sel untuk analisis filogenetik dari Litsea dan kerabat dekatnya. Penelitian ini menggunakan 24 jenis Litsea dan 16 jenis dari marga terkait. Jenis-jenis ini sebagian besar berasal dari wilayah Malesia dan beberapa dari Jepang. Sekuensing langsung dari produk PCR tidak memungkinkan bagi sebagian besar jenis yang diperiksa, maka dilakukan kloning untuk memperoleh sekuens ETS. Hasil sekuens ETS dibandingan dengan  sekuens  ITS yang diperoleh dengan sekuensing langsung dan kloning. Multikopi sekuens ETS dari setiap jenis tertentu Litsea dan marga terkait tersebar di pohon molekuler. Selain itu, sekuens ETS dari jenis yang berbeda atau bahkan berbeda marga ada yang sangat mirip atau identik. Hasil ini menunjukkan bahwa evolusi serempak ( concerted evolution ) dari ETS di marga Litsea dan marga terkait belum lengkap. Akibatnya, untuk menyimpulkan hubungan filogenetik antara jenis  dan marga  dari kelompok tumbuhan ini berdasarkan sekuens ETS menjadi bermasalah. Sekuens ETS tidak cocok digunakan untuk memperkirakan filogeni dari marga Litsea dan marga-marga yang berkarabat dekat.