Manca Žerovnik Mekuč, Ciril Bohak, Rok Romih, Samo Hudoklin, Matija Marolt
{"title":"Avtomatska segmentacija celičnih predelkov v volumetričnih podatkih, pridobljenih z elektronskim mikroskopom","authors":"Manca Žerovnik Mekuč, Ciril Bohak, Rok Romih, Samo Hudoklin, Matija Marolt","doi":"10.31449/upinf.vol27.num4.62","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Segmentacija celicˇnih predelkov je proces, s pomocˇjo katerega dobimo kvantitativne informacije o prisotnosti, prostorski porazdelitvi, strukturi in posledicˇno funkciji organizacijskih enot celice, t.i. celicˇnih predelkov. Z nedavnim razvojem metod elektronske mikroskopije je postal proces rocˇne segmentacije volumetricˇnih podatkov ozko grlo v biomedicinskih raziskavah. Da bi pripomogli k ucˇinkovitejšemu poteku celicˇno bioloških raziskav, smo razvili metodo za avtomatsko segmentacijo mitohondrijev in predelkov lizosomalne poti v volumetricˇnih podatkih tkiva secˇnega mehurja, pridobljenih z metodo fokusiranega ionskega snopa in vrsticˇne elektronske mikroskopije (FIB-SEM). Predlagamo cevovod, ki temelji na konvolucijski nevronski mreži in izkorišcˇa znanje, da imajo mitohondriji in predelki lizosomalne poti v dolocˇenih regijah podobne teksturne znacˇilnice. Z uporabo tega znanja v omenjenih podatkih naš cevovod bolje segmentira ciljne razrede v primerjavi z ostalimi trenutno vodilnimi metodami, ki so bile predlagane za segmentacijo biomedicinskih podatkov.","PeriodicalId":393713,"journal":{"name":"Uporabna informatika","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2019-12-20","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Uporabna informatika","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.31449/upinf.vol27.num4.62","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
Abstract
Segmentacija celicˇnih predelkov je proces, s pomocˇjo katerega dobimo kvantitativne informacije o prisotnosti, prostorski porazdelitvi, strukturi in posledicˇno funkciji organizacijskih enot celice, t.i. celicˇnih predelkov. Z nedavnim razvojem metod elektronske mikroskopije je postal proces rocˇne segmentacije volumetricˇnih podatkov ozko grlo v biomedicinskih raziskavah. Da bi pripomogli k ucˇinkovitejšemu poteku celicˇno bioloških raziskav, smo razvili metodo za avtomatsko segmentacijo mitohondrijev in predelkov lizosomalne poti v volumetricˇnih podatkih tkiva secˇnega mehurja, pridobljenih z metodo fokusiranega ionskega snopa in vrsticˇne elektronske mikroskopije (FIB-SEM). Predlagamo cevovod, ki temelji na konvolucijski nevronski mreži in izkorišcˇa znanje, da imajo mitohondriji in predelki lizosomalne poti v dolocˇenih regijah podobne teksturne znacˇilnice. Z uporabo tega znanja v omenjenih podatkih naš cevovod bolje segmentira ciljne razrede v primerjavi z ostalimi trenutno vodilnimi metodami, ki so bile predlagane za segmentacijo biomedicinskih podatkov.