ANALISIS REGION TRANSMEMBRAN PROTEIN L1 HPV TIPE 52 ISOLAT INDONESIA SECARA IN-SILICO

Abstract

Region transmembran merupakan bagian protein yang  terletak pada keseluruhan membran sel. Region transmembran ini salah satunya dapat ditemukan pada protein L1, yang merupakan protein penyusun kapsid ikosahedral Human Papillomavirus (HPV). HPV (Human Papillomavirus) merupakan virus yang menyebabkan banyaknya kasus kanker serviks baik di Indonesia maupun di dunia. Kanker serviks menempati urutan ketiga sebagai penyebab utama kanker wanita di dunia dan menempati urutan pertama di Indonesia. Salah satu tipe HPV yang paling banyak menyebabkan kanker serviks di Indonesia adalah HPV tipe 52, dengan prevalensi tertinggi sekita r 23.2%. Pengembangan vaksin berbasis VLP dengan menggunakan template HPV 52 isolat Indonesia. VLP diperoleh dari hasil perakitan protein kapsid L1. Namun, protein L1 memiliki region transmembran yang sebagian besar memiliki sifat hidrofobik dan biasanya akan membentuk suatu agregat jika dilakukan tahap purifikasi protein. Agregat tersebut akan menyebabkan protein target mengendap dalam air. Oleh karena itu, pada penelitian ini dilakukan analisis region transmembran pada protein L1 HPV tipe 52 yang sudah mengalami pemotongan beberapa basa pada bagian N-terminal dan C-terminal. Hasil menunjukkan bahwa protein rekombinan L1 HPV 52 yang merupakan truncated segment tidak memiliki region transmembran jika dibandingkan dengan protein L1 HPV 52 native. Kata kunci: Hidrofobik, L1 HPV 52, dan Region transmembran.