Évaluation du test GeneXpert® MRSA/SA SSTI pour le diagnostic de la résistance méticiline des staphylocoques dans les infections d’ostéosynthèses, d’arthrodèses et pseudarthroses

Abstract

Introduction

Le test PCR GeneXpert® Methicillin Resistant Staphylococcus aureus/S. aureus skin and soft tissue infection (MRSA/SA SSTI) (test PCR) permet la détection précoce de la résistance à la méticilline des staphylocoques. Ce test a été mis au point pour les infections cutanées et a été évalué pour les infections prothétiques mais, à notre connaissance, n’a pas été évalué pour les infections sur matériel en dehors des arthroplasties. Aussi, nous avons mené une étude rétrospective chez des patients porteurs d’un matériel d’ostéosynthèse non prothétique avec comme objectif principal d’identifier les valeurs diagnostiques du test PCR comparativement aux cultures conventionnelles et le taux d’antibiothérapie adaptée qui en découle. Les objectifs secondaires étaient : (1) d’identifier le taux de résultats faux-négatifs, (2) d’identifier et comparer les taux d’échec de prise en charge infectieuse (FN versus les autres) (3) de rechercher les facteurs de risque de FN du test PCR.

Hypothèse

Le test PCR permettait une adaptation précoce et adaptée de l’antibiothérapie.

Matériel et méthodes

Les résultats des tests PCR et des cultures conventionnelles pour des infections ostéoarticulaires sur matériel non prothétiques sur quatre ans (2012–2016) ont été comparés pour identifier les valeurs diagnostiques du utilisant les résultats de la culture conventionnelle comme référence et le taux d’antibiothérapies adaptées. Les échecs de prise en charge infectieuse entre les résultats du groupe FN et les autres ont été comparés et des variables associées à un faux-négatif du test PCR ont été recherchées.

Résultats

L’analyse de 419 tests PCR nous a permis d’établir une sensibilité de 42,86 %, une spécificité de 96,82 %, une valeur prédictive positive de 60 % et une valeur prédictive négative de 93,83 %. En utilisant les résultats du test PCR pour l’adaptation de l’antibiothérapie postopératoire d’attente, celle-ci était adaptée pour la couverture des staphylocoques dans 90,94 % (381/419). Les taux de patients pour lesquels la prise en charge infectieuse a échoué n’étaient pas significativement différents entre le groupe FN et les autres patients (20,8 % versus 17,7 %, respectivement ; hazard ratio = 1,12 [IC95 % : 0,47–2,69, p = 0,79]). Une ouverture cutanée lors du traumatisme initial (p = 0,005) et une infection polymicrobienne étaient significativement associées à un risque de FN du test PCR (p < 0,001).

Conclusion

Le test PCR permet de diminuer la durée d’antibiothérapie à large spectre probabiliste lors du traitement d’une infection sur matériel d’ostéosynthèse mais engendre un défaut de couverture antibiotique dans 9,06 % des cas.

Niveau de preuve

III ; étude cas témoin diagnostique.

Introduction

The GeneXpert® Methicillin Resistant Staphylococcus aureus/S. aureus skin and soft tissue infection (MRSA/SA SSTI) PCR test allows early detection of methicillin resistance in staphylococci. This test was developed for skin infections and has been evaluated for prosthetic joint infections but, to our knowledge, has not been evaluated for hardware infections outside of arthroplasties. Furthermore, we conducted a retrospective study in patients with non-prosthetic osteosynthesis hardware aiming: (1) to identify the diagnostic values of the PCR test compared to conventional cultures and the resulting rate of appropriate antibiotic therapy; (2) to identify the rate of false negative (FN) results, (3) to identify and compare the rates of failure of infectious treatment (FN versus others) (4) to search for risk factors for FN of the PCR test.

Hypothesis

The PCR test allowed early and appropriate targeting of antibiotic therapy.

Material and methods

The results of PCR tests and conventional cultures for osteoarticular infections of non-prosthetic hardware over four years (2012–2016) were compared to identify the diagnostic values of using the results of conventional culture as a reference and the rate of appropriate antibiotic therapies. Infectious management failures between the results of the FN group and the others were compared, and variables associated with a FN of the PCR test were identified.

Results

The analysis of 419 PCR tests allowed us to establish a sensitivity of 42.86%, a specificity of 96.82%, a positive predictive value of 60% and a negative predictive value of 93.83%. Using the results of the PCR test for the targeting of postoperative antibiotic therapy, it was suitable for staphylococcal coverage in 90.94% (381/419). The rates of patients for whom infectious treatment failed were not significantly different between the FN group and the other patients [20.8% versus 17.7%, respectively; hazard ratio = 1.12 (95% CI: 0.47–2.69, P = 0.79)]. A skin opening during the initial trauma (P = 0.005) and a polymicrobial infection were significantly associated with a risk of FN from the PCR test (P < 0.001).

Conclusion

The PCR test makes it possible to reduce the duration of empirical broad-spectrum antibiotic therapy during the treatment of an infection of osteosynthesis hardware but causes a lack of antibiotic coverage in 9.06% of cases.

Level of evidence

III; diagnostic case control study.