Computational analysis and expression profiling of NAC transcription factor family involved in biotic stress response in Manihot esculenta

IF 4.2 3区 生物学 Q1 PLANT SCIENCES Plant Biology Pub Date : 2024-09-12 DOI:10.1111/plb.13715
A. H. Abdoulaye, C. Yuhua, Z. Xiaoyan, Y. Yiwei, H. Wang, C. Yinhua
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参与 Manihot esculenta 生物胁迫响应的 NAC 转录因子家族的计算分析和表达谱分析
新生多肽相关复合物(NAC)家族是最大的植物特异性 TF 家族之一,在植物生长、发育和胁迫响应中发挥着重要作用。NAC TFs 在水稻和拟南芥等植物中得到了广泛的研究;然而,它们在木薯(Manihot esculenta)环境胁迫下的特征、功能、进化和表达模式在很大程度上仍未得到探索。在此,我们利用生物信息学分析和生物胁迫反应研究了木薯中 NAC TFs 的理化性质、染色体位置、系统发育、基因结构、表达模式以及启动子区域的顺式元件。我们发现了 119 个木薯 NAC(MeNAC)基因家族,它们不均匀地分布在 16 条染色体上。我们研究了在黄单胞菌 Xanthomonas axonopodis pv. manihotis(Xam)感染下,菌株 CHN11 在不同时间点的表达模式。只有 20 个 MeNAC TFs 表现出明显的细菌抗性。qRT-PCR 分析显示,MeNAC7、26、63、65、77 和 113 在 XamCHN11 感染后被诱导,可能参与了木薯与细菌性枯萎病的分子相互作用。有趣的是,MeNAC26、MeNAC63、MeNAC65和MeNAC113在接种后3小时就对XamCHN11感染做出了反应。此外,我们还在 MeNAC 基因的启动子区域发现了 13 个与胁迫相关的顺式元件,它们参与了多种环境胁迫反应。系统进化分析表明,具有相似结构和基序分布的 MeNAC 基因被归为一组。这项研究为了解 MeNAC TFs 的进化、多样性和特征提供了宝贵的见解。它为更好地了解它们在木薯中的生物学作用和分子机制奠定了基础。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
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来源期刊
Plant Biology
Plant Biology 生物-植物科学
CiteScore
8.20
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2.60%
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109
审稿时长
3 months
期刊介绍: Plant Biology is an international journal of broad scope bringing together the different subdisciplines, such as physiology, molecular biology, cell biology, development, genetics, systematics, ecology, evolution, ecophysiology, plant-microbe interactions, and mycology. Plant Biology publishes original problem-oriented full-length research papers, short research papers, and review articles. Discussion of hot topics and provocative opinion articles are published under the heading Acute Views. From a multidisciplinary perspective, Plant Biology will provide a platform for publication, information and debate, encompassing all areas which fall within the scope of plant science.
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Permeability of postzygotic barriers: embryology of a partially fertile Epidendrum (Orchidaceae) hybrid. Issue Information Modulatory responses of physiological and biochemical status are related to drought tolerance levels in peanut cultivars. Reduced soil moisture drives leaf anatomical shifts more than chronically elevated temperatures in European temperate trees. Salicylic acid priming before cadmium exposure increases wheat growth but does not uniformly reverse cadmium effects on membrane glycerolipids.
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GB/T 7714-2015
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