非 KMT2A 重排 B-ALL 患者在 CD19 CAR-T 治疗下的系谱转换动态演变

重建克隆进化范式有助于我们理解世系转换的过程[6]。因此，我们通过单细胞靶向DNA测序描绘了患者1（P01）的克隆进化模式（补充表3）。通过单细胞基因组测序和质量控制，我们在四个时间点共获得了 6566 个具有相关基因突变（FLT3、BCORL1 和 STAG2）的高质量细胞，用于克隆结构推断（图 1B，补充表 4）。Tapestri insights 分析（图 1B）显示，FLT3-ITD 突变在四个不同的时间点持续存在（83.3%、69.4%、98.8%、9.0%）。在骨髓复发开始后，原有的 BCORL1 突变迅速扩大，而 STAG2 突变与 BCORL1 突变同时出现（16.1%、4.3%、96.1%、0.0%）。与 T1_Pre_CART 时间点相比，我们发现 BCORL1 突变负荷（图 1C）在 T3_Relapse 时间点有所增加。此外，单细胞膜蛋白数据（补充图1A-D，补充表5）显示，在T1_Pre_CART时间点，B-ALL爆破细胞表达典型的B-ALL相关标志物CD19和CD10，并同时表达髓系相关标志物CD33和CD123，而在复发时，爆破细胞失去了淋巴标志物CD19的表达，证实了系的转换现象。此外，通过全外显子测序和靶向测序重建了患者2（P02）的克隆进化结构（图1D，补充表6）。在P02的整个治疗过程中，融合基因EP300::ZNF384持续表达，IKZF2突变克隆在CD19 CAR-T治疗后消失，BCOR基因突变克隆在髓系复发后出现。通过 BCR 测序，我们观察到在 T2_Relapse 时间点存在与 T1_Pre_CART 时间点相同的免疫球蛋白序列（图 1E，补充表 7），而且我们还观察到在复发过程中免疫球蛋白序列的克隆频率增加，这表明它们在髓系重编程过程中富集。这一结果表明，髓系祖细胞的起源是从 B-ALL 细胞重编程而来[7]。