Optimasi digesti enzim restriksi untuk deteksi mutasi daerah D-loop DNA mitokondria dengan metode PCR-RFLP

Abstract

Metode PCR-RFLP merupakan salah satu metode untuk deteksi mutasi pada daerah D-loop DNA mitokondria. Metode ini menggunakan enzim restriksi untuk dapat memotong DNA mitokondria dan menghasilkan ukuran fragmen DNA yang berbeda-beda. Enzim restriksi memerlukan kondisi yang optimal untuk melakukan pemotongan DNA. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui kondisi optimal enzim restriksi agar dapat melakukan digesti pada daerah D-loop DNA mitokondria. Optimasi dilakukan dengan membuat dua kombinasi formula digesti (formula 1 dan 2) dan empat macam waktu digesti (2 jam, 4 jam, 6 jam dan overnight). Hasil penelitian menunjukkan optimasi dari lima macam enzim restriksi (HaeIII (BsuRI), HindIII, HinfI, MboI dan HpyP31 (DdeI)) didapatkan bahwa  ada perbedaan formula dan waktu digesti tergantung dari jenis enzim. Enzim HaeIII(BsuRI), HinfI dan MboI menunjukkan formula 2 merupakan formula optimal, sedangkan enzim HpyP31 (DdeI) formula 1 merupakan formula yang optimal. Waktu digesti 2 jam menunjukkan hasil optimal pada Enzim HaeIII(BsuRI), MboI dan HpyP31 (DdeI), sedangkan enzim HinfI waktu digesti optimal adalah 4 jam. Enzim HindIII tidak mendapatkan hasil potongan fragmen DNA setelah digesti, maka enzim HindIII tidak memiliki situs pemotongan pada daerah D-loop DNA mitokondria.