Diversity of Morphology, Physiologi, Biochemistry and Virulence of Xanthomonas citri sub sp. citri Causes Cancer in Citrus

Abstract

Kanker jeruk adalah penyakit penting tanaman jeruk di dunia, termasuk Indonesia. Identifikasi patogen oleh petani masih berdasarkan gejala penyakit, padahal patogen memiliki keragaman virulensi, patotipe, genetika, dan tanaman inang. Tujuan penelitian untuk mengetahui keragaman morfologi, fisiologi, biokimia, molekuler, dan virulensi dari bakteri kanker jeruk. Bakteri diisolasi dari sampel lemon (Citrus limon), nipis (C. aurantifolia), purut (C. hystrix), siam (C. sinensis), dan fortunella (Fortunella margarita) yang menunjukkan gejala khas penyakit kanker di Bogor dan Kabupaten Lima Puluh Kota, Sumatera Barat. Karakteristik bakteri dilakukan berdasarkan morfologi, fisiologi, biokimia, dan molekuler menggunakan PCR primer universal, serta patogenisitas pada kultivar jeruk, yaitu lemon, nipis, purut, siam, dan fortunella. Sebanyak 16 galur bakteri patogen dari sampel tanaman jeruk menunjukkan gejala khas penyakit kanker. Koloni bakteri patogen beragam berdasarkan ukuran, warna, dan tekstur koloni; secara fisiologi dan biokimia juga beragam berdasarkan kemampuan protease, oksidase, hidrolisis kasein, dan hidrolisis pati; demikian juga patogenisitasnya pada empat kultivar jeruk juga beragam. Diketahui ada empat galur yang virulen (LB04, NP02, PB05, dan SP05) pada jeruk lemon, nipis, purut, dan siam dengan masa inkubasi 23–27 hari, insidensi 22.25–90.15%, dan keparahan 15.80–78.85%. Galur LB04 paling virulen berdasarkan nilai insidensi, keparahan, dan AUDPC; kultivar jeruk nipis paling rentan. Berdasarkan hasil analisis nukleotida gen 16S rRNA maka galur PB01 terkonfirmasi sebagai Xanthomonas citri subsp. citri (MK121207.1) dengan homologi 99.7% sehingga termasuk patotipe A (Asiatik).