Kan Plazmasında Satellit-2 Tekrar Elementi DNA Dizilerinin Karakterizasyonu

Abstract

Amaç: Son yıllarda tıp biliminin farklı disiplinlerinde sıkça karşılaşılan kavramlardan biri olan “sıvı biyopsi”, hastaların tanı, prognoz analizi ve tedaviye cevabını değerlendirme gibi konularda girişimsel doku biyopsisi yerine, kan ve çeşitli vücut sıvılarındaki moleküler ve epigenetik biyobelirteçlerin kullanılmasını içerir. Dolaşımda serbest halde dolaşan DNA’da (‘cell-free DNA’, cfDNA) kanser hücrelerine özgü gen mutasyonlarının saptanması, kanser hücrelerinin içeriğinin vücut sıvılarına geçtiğinin kesin kanıtı olarak kabul edilmektedir. cfDNA’nın bileşiminin belirlenmesine yönelik dizileme çalışmaları, perisentrik satellit DNA dizilerinin, cfDNA’da genom oranlarına kıyasla daha fazla oranda temsil edildiğini bildirmiştir. Bu çalışmada, kanser açısından spesifik dizilerin saptanması amacıyla, Sat-2 dizilerinin polimeraz zincir reaksiyonunda (PCR) çoğaltılmaları sonrasında daha detaylı karakterizasyonu amaçlanmıştır.Yöntem: Çalışmada, sağlıklı ve metastatik meme kanserli hastaların plazmalarından 1. ve 10. kromozoma spesifik Sat-2 dizileri PCR ile çoğaltıldıktan sonra, otomatik elektroforez sisteminde ayrıştırıldılar.Bulgular: Yapılan büyüklük analizinde, iki bölgeden çok sayıda amplikon oluştuğu, bunların yaklaşık %50’ni sırasıyla 143 ve 115 bç uzunluğunda ürünlerin oluşturduğu belirlenmiştir. Bu iki PCR amplikonunun miktarı meme kanserli hastalarda daha yüksek olarak hesaplandı. Onuncu kromozoma özgü 115 bç’lik fargman dışındaki Sat-2 dizileri açısından kontroller ile hastalar arasında önemli farklar olduğu belirlenmiştir.Sonuç: Çalışma kapsamında elde edilen bulgular, Sat-2 tekrar elementine ait DNA dizilerinin sekanslanması sonrası kansere spesifik hedef bölgelerin saptanabileceğini ortaya koymaktadır.