Longest Common Subsequence Aplicada à Comparação de Proteínas

Jéssica Costa, M. Pereira, Kele T. Belloze, E. Bezerra
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Abstract

Este trabalho realiza uma comparação do desempenho de dois algoritmos na busca da maior subsequência comum (LCS - Longest Common Sub- sequence) entre sequências de proteínas de organismos vivos. Para isso foram utilizadas sequências de diversos tamanhos e realizados testes com os algoritmos de Wagner-Fischer e Needleman-Wunsch. Foi observado que conforme o tamanho da entrada cresce, o tempo de execução aumenta linearmente para ambos os algoritmos, contudo, apresentando melhores resultados para o algoritmo de Wagner-Fischer.
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用于蛋白质比较的最长常见子序列
本文比较了两种算法在生物蛋白质序列中搜索最长公共子序列(LCS)的性能。为此,我们使用了不同大小的序列,并使用Wagner-Fischer和Needleman-Wunsch算法进行了测试。结果表明,随着输入大小的增加,两种算法的运行时间线性增加,但Wagner-Fischer算法的运行时间较好。
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