Designing B and T Cell Multi-Epitope Vaccine for Cross Protection Against Haemophilus Strains: An Immunoinformatics Approach

Abstract

زمینۀ مطالعه:علی­رغم وجود واکسن­های کونژوگه ضد سویه­های هموفیلوس عفونت­های ناشی از هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس چه در بعد انسانی و چه در صنعت دامپروری خسارت­های اقتصادی بسیاری را به جوامع تحمیل می­کند. کارا نبودن واکسن‌های موجود ضد همه سویه‌ها می­تواند در گسترش عفونت ناشی از هموفیلوس مؤثر باشد. از نقاط ضعف این واکسن­ها می­توان به عدم پوشش اپی­توپ­های گوناگون از سویه­های هموفیلوس در واکسن­های موجود اشاره کرد. از این رو انتخاب یک مجموعه­ای از پروتئین­های حراست­شده و مشترک در سویه­های تهاجمی هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس جهت پیشگویی اپی­توپ­ها و طراحی واکسن­ ضروری است. هدف: این مطالعه با هدف طراحی واکسن پلی اپی­توپی مؤثر بر ضد سویه­های بیماریزای هموفیلوس آنفلوانزا و هموفیلوس سومنوس با بهره­گیری از رهیافت­های in silico انجام شد. روش‎کار: ابتدا توالی­های پروتئین­های مورد نظر از پایگاه­های داده بازیابی شدند و به منظور به دست­ آوردن مناطق حراست­شده با نرم افزار Clustal omega همردیف گردیدند. سپس پیشگویی اپی­توپ­های سلول­های B و T برای 6 پروتئین ایمونوژن شامل پروتئین­ غشای خارجی (Outer Membrane protein, OMP6)، پروتئین پوشش سلولی (Opacity Associated Protein A, OapA)، پروتئین باند شونده به ترانسفرین (Transfern Binding Protein A, TbpA)، پروتئین D (PD) و D15  با استفاده از سرورهای مختلف ایمونوانفورماتیک صورت گرفت. اپی­توپ­های مشترک دارای امتیاز بالاتر با لینکرهای مناسب به یکدیگر متصل گردیدند. ویژگی­های فیزیکوشیمیایی و ساختاری مدل نهایی با سرورهای مربوطه مورد بررسی قرار گرفت. نتایج: 6 اپی­توپ سلولCD4+ T و 3 اپی­توپ سلول B از 6 پروتئین ایمونوژن برای طراحی سازه نهایی انتخاب شدند. ارزیابی­های ایمونوانفورماتیک نشان داد که پپتید پلی اپی­توپی طراحی شده یک پادگن بی خطر، محلول، هیدروفیل و پایدار در دماهای مختلف است که می­تواند یک واکسن بالقوه باشد. نتیجه­گیری نهایی: سازه پلی اپی­توپی طراحی شده با ابزارهای ایمونوانفورماتیک می­تواند به عنوان کاندید واکسن ضد هموفیلوس مورد توجه قرار گیرد.