SARS CoV-2 SPIKE GLYCOPROTEIN MUTATIONS AND CHANGES IN PROTEIN STRUCTURE

IF 0.5 Q4 MULTIDISCIPLINARY SCIENCES Trakya University Journal of Natural Sciences Pub Date : 2020-02-16 DOI:10.23902/trkjnat.774926

Ekrem Akbulut

{"title":"SARS CoV-2 SPIKE GLYCOPROTEIN MUTATIONS AND CHANGES IN PROTEIN STRUCTURE","authors":"Ekrem Akbulut","doi":"10.23902/trkjnat.774926","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirusu-2 (SARS CoV-2) yuksek virulans etkiye sahip tek zincirli pozitif polariteli RNA virusudur. Spike (S) glikoprotein SARS CoV-2 virionunun en distaki bilesenidir ve anjiyotensin donusturucu enzim 2 (ACE2) reseptoru araciligi ile virusun hucreye girisinde onemlidir. ACE2, vazokonstriktor anjiyotensin 2'yi vazodilator anjiyotensin 1-7'ye donusturerek insanda kan basincinin duzenlenmesinde onemli roller ustlenir. Bu calismada, Asya izolatlarindaki mutasyonlarin S glikoprotein yapisinda neden olabilecegi degisiklikler analiz edilmis ve ilac ve asi hedefleme calismalarina katkida bulunmak uzere modellenmistir. Genom, proteom ve mutasyon analizleri biyoinformatik araclari (MAFFT, MegaX, PSIPRED, MolProbity, PyMoL) kullanilarak yapildi. Protein modellemesi ProMod3 kullanilarak yapildi. S glikoproteinde 26 mutasyon tespit edilmistir. Bu mutasyonlarin S glikoproteininin genel topolojik ve konformasyonel yapisinda ortaya cikardigi degisiklikler, SARS CoV-2’nin virulans ozelliklerini etkileyebilir. Mutasyonlarin reseptor baglanma bolgesini (RBB) kapali formasyondan acik formasyon benzeri bir yapiya donusturdugu belirlenmistir. RBB'de mutasyondan sonra meydana gelen konformasyonel degisimin reseptor afinitesinde bir artisa neden olabilecegi dusunulmektedir. Bu bulgular hastaligin onlenmesi ve SARS CoV-2 ilac ve asi gelistirme calismalari icin faydali olabilir.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"187 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.5000,"publicationDate":"2020-02-16","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"2","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Trakya University Journal of Natural Sciences","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.23902/trkjnat.774926","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q4","JCRName":"MULTIDISCIPLINARY SCIENCES","Score":null,"Total":0}

引用次数: 2

Abstract

Şiddetli akut solunum yolu sendromu koronavirusu-2 (SARS CoV-2) yuksek virulans etkiye sahip tek zincirli pozitif polariteli RNA virusudur. Spike (S) glikoprotein SARS CoV-2 virionunun en distaki bilesenidir ve anjiyotensin donusturucu enzim 2 (ACE2) reseptoru araciligi ile virusun hucreye girisinde onemlidir. ACE2, vazokonstriktor anjiyotensin 2'yi vazodilator anjiyotensin 1-7'ye donusturerek insanda kan basincinin duzenlenmesinde onemli roller ustlenir. Bu calismada, Asya izolatlarindaki mutasyonlarin S glikoprotein yapisinda neden olabilecegi degisiklikler analiz edilmis ve ilac ve asi hedefleme calismalarina katkida bulunmak uzere modellenmistir. Genom, proteom ve mutasyon analizleri biyoinformatik araclari (MAFFT, MegaX, PSIPRED, MolProbity, PyMoL) kullanilarak yapildi. Protein modellemesi ProMod3 kullanilarak yapildi. S glikoproteinde 26 mutasyon tespit edilmistir. Bu mutasyonlarin S glikoproteininin genel topolojik ve konformasyonel yapisinda ortaya cikardigi degisiklikler, SARS CoV-2’nin virulans ozelliklerini etkileyebilir. Mutasyonlarin reseptor baglanma bolgesini (RBB) kapali formasyondan acik formasyon benzeri bir yapiya donusturdugu belirlenmistir. RBB'de mutasyondan sonra meydana gelen konformasyonel degisimin reseptor afinitesinde bir artisa neden olabilecegi dusunulmektedir. Bu bulgular hastaligin onlenmesi ve SARS CoV-2 ilac ve asi gelistirme calismalari icin faydali olabilir.

查看原文