DOCKING MOLEKULER SENYAWA AKTIF BUAH DAN DAUN JAMBU BIJI (Psidium guajava L.) TERHADAP PROTEIN SARS-CoV-2

FORTE JOURNAL Pub Date : 2021-07-31 DOI:10.51771/FJ.V1I2.89
R. Manalu
{"title":"DOCKING MOLEKULER SENYAWA AKTIF BUAH DAN DAUN JAMBU BIJI (Psidium guajava L.) TERHADAP PROTEIN SARS-CoV-2","authors":"R. Manalu","doi":"10.51771/FJ.V1I2.89","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Pada akhir 2019, terjadi wabah pneumonia baru berasal dari Wuhan, Provinsi Hubei yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Sehingga perlu dilakukan penghambatan protein virus tersebut sebagai salah satu penemuan kandidat obat baru. Tujuan penelitian untuk mencari bahwa senyawa metabolit sekunder yang terdapat dalam pada buah dan daun jambu biji (Psidium guajava L) mempunyai aktivitas sebagai antivirus dengan cara menghambat protein SARS-CoV-2. Metode penambatan molekul (docking molecular) untuk prediksi struktur kompleks senyawa-protein yang dinamakan docking ligan-protein. Penelitian dilakukan dengan cara analisis secara In Silico senyawa metabolit sekunder tanaman jambu biji dan memodelkan interaksi senyawa pada protein SARS-CoV-2 yang berperan sebagai antivirus. Software yang digunakan adalah PLANTS, YASARA, ChemSketch, dan Ligplus. Penelitian diawali dengan validasi internal pada salah satu reseptor SARS-CoV-2 dengan kode protein PDB.ID 6LU7. Proses docking dilakukan terhadap native ligand, senyawa kimia pada tanaman jambu biji, dan senyawa pembanding sebagai kontrol positif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa score docking dari tiga senyawa metabolit sekunder terbaik masih lebih tinggi dibandingkan dengan ligan native-nya. Score docking kaemferol, kuersetin dan hyperin adalah -90.399, -92.012 dan -92.231 kkal/mol. Ikatan kompleks dengan ligan native masih lebih stabil (kuat) dibandingkan dengan kompleks antara protein dan senyawa aktif dari Jambu Biji.","PeriodicalId":12464,"journal":{"name":"FORTE JOURNAL","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2021-07-31","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"FORTE JOURNAL","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.51771/FJ.V1I2.89","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 1

Abstract

Pada akhir 2019, terjadi wabah pneumonia baru berasal dari Wuhan, Provinsi Hubei yang disebabkan oleh virus SARS-CoV-2. Sehingga perlu dilakukan penghambatan protein virus tersebut sebagai salah satu penemuan kandidat obat baru. Tujuan penelitian untuk mencari bahwa senyawa metabolit sekunder yang terdapat dalam pada buah dan daun jambu biji (Psidium guajava L) mempunyai aktivitas sebagai antivirus dengan cara menghambat protein SARS-CoV-2. Metode penambatan molekul (docking molecular) untuk prediksi struktur kompleks senyawa-protein yang dinamakan docking ligan-protein. Penelitian dilakukan dengan cara analisis secara In Silico senyawa metabolit sekunder tanaman jambu biji dan memodelkan interaksi senyawa pada protein SARS-CoV-2 yang berperan sebagai antivirus. Software yang digunakan adalah PLANTS, YASARA, ChemSketch, dan Ligplus. Penelitian diawali dengan validasi internal pada salah satu reseptor SARS-CoV-2 dengan kode protein PDB.ID 6LU7. Proses docking dilakukan terhadap native ligand, senyawa kimia pada tanaman jambu biji, dan senyawa pembanding sebagai kontrol positif. Hasil penelitian menunjukkan bahwa score docking dari tiga senyawa metabolit sekunder terbaik masih lebih tinggi dibandingkan dengan ligan native-nya. Score docking kaemferol, kuersetin dan hyperin adalah -90.399, -92.012 dan -92.231 kkal/mol. Ikatan kompleks dengan ligan native masih lebih stabil (kuat) dibandingkan dengan kompleks antara protein dan senyawa aktif dari Jambu Biji.
查看原文
分享 分享
微信好友 朋友圈 QQ好友 复制链接
本刊更多论文
2019年底,湖北武汉爆发了一场由沙士- cov -2病毒引起的新肺炎。因此,将病毒蛋白抑制作为新药物候选人的发现之一是必要的。研究的目的是确定果实和番石榴叶中发现的次级代谢物质通过抑制酱汁- cov -2的蛋白质而具有抗病毒作用。分子增强方法,用来预测叫做跨蛋白质的复杂蛋白质结构。研究是通过对番石榴植物的次级代谢物质进行分析,并模拟具有抗病毒作用的化合物在SARS-CoV-2蛋白质中的作用。正在使用的软件包括植物、YASARA、ChemSketch和Ligplus。研究始于其中一种带有gdp蛋白代码的SARS-CoV-2受体的内部验证。6LU7 ID。对接过程是对当地姜根、番石榴植物的化合物和对联进行的积极控制。研究表明,三种最好的次级代谢化合物的得分仍然高于其nativev。得分kaemferol, kuersetin和高血压是- 90,399,- 92012和- 92,231 kkal/mol。与活的根的复合体比蛋白质和活跃的番石榴化合物之间的复合体更稳定。
本文章由计算机程序翻译,如有差异,请以英文原文为准。
求助全文
约1分钟内获得全文 去求助
来源期刊
自引率
0.00%
发文量
0
期刊最新文献
PENGARUH PENAMBAHAN MINYAK JAHE SEBAGAI ANTIOKSIDAN ALAMI DALAM PENINGKATAN KUALITAS MINYAK IKAN PATIN (Pangasius hypophthalmus) UJI AKTIVITAS ANTIHIPERURISEMIA EKSTRAK BUAH KERSEN HIJAU (Muntingia calabura L.) PADA TIKUS JANTAN PUTIH GALUR WISTAR POLA PERESEPAN ANTIBIOTIK DOKTER SPESIALIS KULIT DAN KELAMIN DI APOTEK KIAT WIJAYA PERIODE JULI-DESEMBER 2021 KARAKTERISTIK DAN UJI ANTIOKSIDAN SABUN TRANSPARAN EKSTRAK KULIT SALAK WEDI THE EFFECT OF EDUCATION LEVEL AND PUBLIC KNOWLEDGE ABOUT THE USE OF ANTIBIOTICS IN UMBULHARJO YOGYAKARTA
×
引用
GB/T 7714-2015
复制
MLA
复制
APA
复制
导出至
BibTeX EndNote RefMan NoteFirst NoteExpress
×
×
提示
您的信息不完整,为了账户安全,请先补充。
现在去补充
×
提示
您因"违规操作"
具体请查看互助需知
我知道了
×
提示
现在去查看 取消
×
提示
确定
0
微信
客服QQ
Book学术公众号 扫码关注我们
反馈
×
意见反馈
请填写您的意见或建议
请填写您的手机或邮箱
已复制链接
已复制链接
快去分享给好友吧!
我知道了
×
扫码分享
扫码分享
Book学术官方微信
Book学术文献互助
Book学术文献互助群
群 号:481959085
Book学术
文献互助 智能选刊 最新文献 互助须知 联系我们:info@booksci.cn
Book学术提供免费学术资源搜索服务,方便国内外学者检索中英文文献。致力于提供最便捷和优质的服务体验。
Copyright © 2023 Book学术 All rights reserved.
ghs 京公网安备 11010802042870号 京ICP备2023020795号-1