Molecular Dynamics Studies of the Norovirus-Host Cell Interaction Mediated by H-type 1 Antigen

IF 0.5 Q4 MULTIDISCIPLINARY SCIENCES Trakya University Journal of Natural Sciences Pub Date : 2019-04-15 DOI:10.23902/TRKJNAT.508120

Abdulkadir Kocak, M. Yildiz

{"title":"Molecular Dynamics Studies of the Norovirus-Host Cell Interaction Mediated by H-type 1 Antigen","authors":"Abdulkadir Kocak, M. Yildiz","doi":"10.23902/TRKJNAT.508120","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Akut gastroenterit hastaliginin onemli nedenlerinden biri noroviruslerdir. Konakci hucreye, hucre yuzeyindeki coklu seker halkalarindan olusan HGBA reseptorleri ile etkileserek enfekte olurlar. Hucreye girmek icin viruse ait kapsid proteini hucre yuzeyi reseptorleri ile komplekslesir. Her ne kadar protein bazi ortak glikanlarin varliginda kompleks olarak basarili bir sekilde kristalize edilmis olsa da, seker kisimlarinin baglanmasindan kaynaklanan protein yapisindaki dinamik degisim henuz tam olarak aydinlatilamamistir. Virus proteinin HBGA'lara baglanma mekanizmasini anlama ve gastroenterit hastaligina karsi tedavi stratejileri gelistirmesine yardimci olmasi nedeniyle bu dinamik degisimi anlamak kritik derecede oneme sahiptir. Bu calismada, virus enfeksiyonu icin onemli olabilecek etkilesimler hakkinda bilgi edinmek icin yabanil VP1 kapsit proteininin dinamik ozelliklerini molekuler dinamik metotlarla hesapladik. Şeker kisminin baglanmasinin, baglanma bolgesinde gozle gorulur dinamik degisikliklere neden olmadigini tespit ettik. Bununla birlikte, ilginc bir sekilde, allosterik bir etkinin gostergesi olabilecek 395-400 numarali sekansa ait amino asitlerinde ihmal edilemeyecek bir hareketlilik meydana geldigini gozlemledik.","PeriodicalId":23163,"journal":{"name":"Trakya University Journal of Natural Sciences","volume":"72 1","pages":""},"PeriodicalIF":0.5000,"publicationDate":"2019-04-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"1","resultStr":null,"platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Trakya University Journal of Natural Sciences","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.23902/TRKJNAT.508120","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q4","JCRName":"MULTIDISCIPLINARY SCIENCES","Score":null,"Total":0}

引用次数: 1

Abstract

Akut gastroenterit hastaliginin onemli nedenlerinden biri noroviruslerdir. Konakci hucreye, hucre yuzeyindeki coklu seker halkalarindan olusan HGBA reseptorleri ile etkileserek enfekte olurlar. Hucreye girmek icin viruse ait kapsid proteini hucre yuzeyi reseptorleri ile komplekslesir. Her ne kadar protein bazi ortak glikanlarin varliginda kompleks olarak basarili bir sekilde kristalize edilmis olsa da, seker kisimlarinin baglanmasindan kaynaklanan protein yapisindaki dinamik degisim henuz tam olarak aydinlatilamamistir. Virus proteinin HBGA'lara baglanma mekanizmasini anlama ve gastroenterit hastaligina karsi tedavi stratejileri gelistirmesine yardimci olmasi nedeniyle bu dinamik degisimi anlamak kritik derecede oneme sahiptir. Bu calismada, virus enfeksiyonu icin onemli olabilecek etkilesimler hakkinda bilgi edinmek icin yabanil VP1 kapsit proteininin dinamik ozelliklerini molekuler dinamik metotlarla hesapladik. Şeker kisminin baglanmasinin, baglanma bolgesinde gozle gorulur dinamik degisikliklere neden olmadigini tespit ettik. Bununla birlikte, ilginc bir sekilde, allosterik bir etkinin gostergesi olabilecek 395-400 numarali sekansa ait amino asitlerinde ihmal edilemeyecek bir hareketlilik meydana geldigini gozlemledik.

查看原文