microRNA expression patterns associated with average daily weight gain in Kangal Akkaraman Lambs

Abstract

Amaç: Bu çalışmada Kangal Akkaraman kuzularında eksprese olan miRNA'ların tanımlanması ve ortalama günlük ağırlık artışı (ADWG) ile ilişkisi olabilecek miRNA'ların belirlenmesi amaçlandı. Gereç ve Yöntem: ADWG'lerine göre kuzular iki gruba ayrıldı; ADWG'leri 270-412 g (ortalama: 323 g) arasında olanlar yüksek günlük kazanç (HDG) grubu olarak kabul edilirken ADWG'leri 200 g'ın altında olanlar (ortalama: 125 g) düşük günlük kazanç (LDG) grubu olarak kabul edildi. Kuzulardan alınan kanlardan beyaz kan hücreleri ayrıldı ve RNA ekstraksiyonu yapıldı. miRNA kitaplıkları (LDG ve HDG grupları) hazırlandı ve Illumina Novaseq ile dizilendi. Okumalar, Bowtie programı kullanılarak Oar_v3.1 koyun referans genomuna haritalandı. Ayrıca, DESeq R paketi (1.8.3) kullanılarak iki grubun diferansiyel ekspresyon analizi yapıldı. RNA-seq verilerine dayanarak, en yüksek kat artışına sahip iki miRNA seçildi ve ekspresyon seviyeleri kantitatif Real-time PCR (RT-qPCR) ile test edildi. Bulgular: Toplam 129 bilinen miRNA tanımlandı, 134 yeni miRNA tahmin edildi, 12'si yukarı regüle- 28'i aşağı regüle olmak üzere 40 anlamlı diferansiyel eksprese sahip miRNA tanımlandı (LDG'ye karşı HDG). RNA-seq sonuçlarına göre kat artışı en yüksek iki miRNA tespit edildi; 0,66 (oar-miR-21) ve 0,61 (oar-miR-150). HDG koyunlarının LDG koyunlarına göre 0,63 kat daha düşük oar-mir-150 istatistiksel olarak anlamlı olmayan ekspresyonuna sahip olduğu RT-qPCR ile tespit edildi. Buna rağmen oar-mir-21’in, HDG grubunda istatistiksel olarak anlamlı şekilde 0,40 kat daha az ifade edildiği bulundu (p < 0,05). Öneri: Elde edilen verilerin Kangal Akkraman koyunlarında ADWG ile ilgili ıslah çalışmalarında katkı sağlayabileceği düşünülmektedir. Anahtar kelimeler: Ortalama günlük ağırşıl artışı, ekspresyon, Kangal Akkaraman, miRNA, RNA-seq.