{"title":"(E)-2,4-二叔丁基-6-((4-氟苯基亚氨基)甲基)苯酚和(E)-2,4-二叔丁基-6-((3-碘-4-甲基苯基亚氨基)甲基)苯酚化合物的分子对接和 ADME 研究","authors":"Enis GÜZEL, Mustafa MACİT, Metin YAVUZ","doi":"10.31466/kfbd.1283044","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"Başlıkta belirtilen ((E)-2,4-di-tert bütil-6-((4-florofenilimino)metil)fenol (I) ve (E)-2,4-di-tert-bütil-6-((3-iyodo-4-metilfenilimino)metil)fenol (II) Schiff bazlı bileşiklerin hedef protein yapısı olan Kannabinoid Reseptörü 1 (CNR 1) protein yapısı ile Moleküler Docking çalışması yapılmıştır. Ligand yapıları ile hedef protein yapısı birleştirildikten sonra oluşan kovalent bağlar ve kovalent olmayan iyonik bağlar, hidrojen bağları, Van der Waals bağlarının protein yapısının 3-boyutlu (3B) katlanması üzerindeki etkisi tartışılmıştır. Bunlara ek olarak, ilaç adayı bu iki bileşiğin fizikokimyasal özellikleri, lipofilisitesi, farmokinetik özellikleri, sıvı çözünürlükleri, tıbbi kimya ve ilaç benzerliği araştırmaları kuramsal olarak yapılmıştır. Yapılan kuramsal hesaplamalar sonucunda bileşik (I) ve bileşik (II)’nin CNR 1 protein yapısı ile H etkileşimi incelendiğinde aromatik benzen halkasına iyot atomu bağlı olan bileşik (I) protein yapısı alıcı (donör) verici (akseptör) etkileşiminin, benzen halkasına flor bağlı olan bileşik (II)’ye göre daha fazla olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Bileşik (I) ve bileşik (II)’nin hedef protein yapısı ile moleküller arası kutuplu yük durumları incelendiğinde, dışarıdan eklenecek yeni moleküle karşı nötr ve kararlı olduğu düşünülmektedir.","PeriodicalId":17795,"journal":{"name":"Karadeniz Fen Bilimleri Dergisi","volume":"56 1","pages":"0"},"PeriodicalIF":0.0000,"publicationDate":"2023-09-15","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"(E)-2,4-di-tert bütil-6-((4-florofenilimino)metil)fenol ve (E)-2,4-di-tert-bütil-6-((3-iyodo-4-metilfenilimino)metil)fenol Bileşikleri için Moleküler Docking ve ADME Çalışmaları\",\"authors\":\"Enis GÜZEL, Mustafa MACİT, Metin YAVUZ\",\"doi\":\"10.31466/kfbd.1283044\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"Başlıkta belirtilen ((E)-2,4-di-tert bütil-6-((4-florofenilimino)metil)fenol (I) ve (E)-2,4-di-tert-bütil-6-((3-iyodo-4-metilfenilimino)metil)fenol (II) Schiff bazlı bileşiklerin hedef protein yapısı olan Kannabinoid Reseptörü 1 (CNR 1) protein yapısı ile Moleküler Docking çalışması yapılmıştır. Ligand yapıları ile hedef protein yapısı birleştirildikten sonra oluşan kovalent bağlar ve kovalent olmayan iyonik bağlar, hidrojen bağları, Van der Waals bağlarının protein yapısının 3-boyutlu (3B) katlanması üzerindeki etkisi tartışılmıştır. Bunlara ek olarak, ilaç adayı bu iki bileşiğin fizikokimyasal özellikleri, lipofilisitesi, farmokinetik özellikleri, sıvı çözünürlükleri, tıbbi kimya ve ilaç benzerliği araştırmaları kuramsal olarak yapılmıştır. Yapılan kuramsal hesaplamalar sonucunda bileşik (I) ve bileşik (II)’nin CNR 1 protein yapısı ile H etkileşimi incelendiğinde aromatik benzen halkasına iyot atomu bağlı olan bileşik (I) protein yapısı alıcı (donör) verici (akseptör) etkileşiminin, benzen halkasına flor bağlı olan bileşik (II)’ye göre daha fazla olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Bileşik (I) ve bileşik (II)’nin hedef protein yapısı ile moleküller arası kutuplu yük durumları incelendiğinde, dışarıdan eklenecek yeni moleküle karşı nötr ve kararlı olduğu düşünülmektedir.\",\"PeriodicalId\":17795,\"journal\":{\"name\":\"Karadeniz Fen Bilimleri Dergisi\",\"volume\":\"56 1\",\"pages\":\"0\"},\"PeriodicalIF\":0.0000,\"publicationDate\":\"2023-09-15\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Karadeniz Fen Bilimleri Dergisi\",\"FirstCategoryId\":\"1085\",\"ListUrlMain\":\"https://doi.org/10.31466/kfbd.1283044\",\"RegionNum\":0,\"RegionCategory\":null,\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"\",\"JCRName\":\"\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Karadeniz Fen Bilimleri Dergisi","FirstCategoryId":"1085","ListUrlMain":"https://doi.org/10.31466/kfbd.1283044","RegionNum":0,"RegionCategory":null,"ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"","JCRName":"","Score":null,"Total":0}
引用次数: 0
摘要
以标题中提到的((E)-2,4-二叔丁基-6-((4-氟苯基亚氨基)甲基)苯酚(I)和(E)-2,4-二叔丁基-6-((3-碘-4-甲基苯基亚氨基)甲基)苯酚(II)席夫碱化合物为目标蛋白质结构,对大麻素受体1(CNR 1)蛋白质结构进行了分子对接研究。讨论了共价键和非共价离子键、氢键、范德华键对配体结构与目标蛋白质结构结合后形成的蛋白质结构的三维折叠的影响。此外,还对这两种候选化合物的理化性质、亲油性、药代动力学性质、液溶性、药物化学和药物相似性研究进行了理论研究。理论计算的结果表明,当考察化合物(I)和化合物(II)与 CNR 1 蛋白结构的 H 相互作用时,发现在芳香苯环上附有碘原子的化合物(I)的蛋白质结构的供体-受体相互作用高于苯环上附有氟的化合物(II)。当研究化合物(I)和化合物(II)与目标蛋白质结构的分子间极性电荷状态时,认为其对从外部加入的新分子是中性和稳定的。
(E)-2,4-di-tert bütil-6-((4-florofenilimino)metil)fenol ve (E)-2,4-di-tert-bütil-6-((3-iyodo-4-metilfenilimino)metil)fenol Bileşikleri için Moleküler Docking ve ADME Çalışmaları
Başlıkta belirtilen ((E)-2,4-di-tert bütil-6-((4-florofenilimino)metil)fenol (I) ve (E)-2,4-di-tert-bütil-6-((3-iyodo-4-metilfenilimino)metil)fenol (II) Schiff bazlı bileşiklerin hedef protein yapısı olan Kannabinoid Reseptörü 1 (CNR 1) protein yapısı ile Moleküler Docking çalışması yapılmıştır. Ligand yapıları ile hedef protein yapısı birleştirildikten sonra oluşan kovalent bağlar ve kovalent olmayan iyonik bağlar, hidrojen bağları, Van der Waals bağlarının protein yapısının 3-boyutlu (3B) katlanması üzerindeki etkisi tartışılmıştır. Bunlara ek olarak, ilaç adayı bu iki bileşiğin fizikokimyasal özellikleri, lipofilisitesi, farmokinetik özellikleri, sıvı çözünürlükleri, tıbbi kimya ve ilaç benzerliği araştırmaları kuramsal olarak yapılmıştır. Yapılan kuramsal hesaplamalar sonucunda bileşik (I) ve bileşik (II)’nin CNR 1 protein yapısı ile H etkileşimi incelendiğinde aromatik benzen halkasına iyot atomu bağlı olan bileşik (I) protein yapısı alıcı (donör) verici (akseptör) etkileşiminin, benzen halkasına flor bağlı olan bileşik (II)’ye göre daha fazla olduğu sonucuna ulaşılmıştır. Bileşik (I) ve bileşik (II)’nin hedef protein yapısı ile moleküller arası kutuplu yük durumları incelendiğinde, dışarıdan eklenecek yeni moleküle karşı nötr ve kararlı olduğu düşünülmektedir.