基因组视角下的咖啡历史

IF 15.8 1区 生物学 Q1 PLANT SCIENCES Nature Plants Pub Date : 2024-05-20 DOI:10.1038/s41477-024-01714-y
Jun Lyu
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摘要

采用混合组装策略对阿拉比卡咖啡及其两个祖先代表的基因组进行了测序和组装。利用 Pacbio HiFi 技术进一步改进了阿拉比卡基因组,得到了一个高度连续的基因组,没有长端重复转座元件移动的迹象,而是两个和谐共存的亚基因组。选择二倍体阿拉比卡,而不是普通的四倍体,是产生高度连续和先进基因组的重要因素。这两个亚基因组与两个二倍体祖先的现代代表基因组以及它们之间的基因组表现出高度的一致性。在全局基因表达水平上,没有观察到整体亚基因组的优势,而是观察到丰富的马赛克样模式,表达偏向因基因家族而异,这表明二倍体化处于早期阶段。研究人员观察到,亚基因组之间偶尔发生的同源交换促进了阿拉伯咖啡豆的多样性,也可能在杂交后建立稳定的异源多倍体系方面发挥了作用。野生种群的多样性已经很低,这主要是由发生在 61-35 万年前(ka)的异源多倍体创始事件造成的。对野生阿拉比卡咖啡的分析表明,在杂交事件之后的很长一段时间内,种群规模较小,并在距今 5 千年左右出现了较新的瓶颈。与野生咖啡相比,栽培品种的核苷酸多样性只出现了轻微的减少,因此驯化可能只造成了轻微的瓶颈。
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Nature Plants
Nature Plants PLANT SCIENCES-
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期刊介绍: Nature Plants is an online-only, monthly journal publishing the best research on plants — from their evolution, development, metabolism and environmental interactions to their societal significance.
期刊最新文献
Cu-miRNA stress relievers N-glycosylation facilitates the activation of a plant cell-surface receptor Mechanistic study of SCOOPs recognition by MIK2–BAK1 complex reveals the role of N-glycans in plant ligand–receptor–coreceptor complex formation Defaunation threatens plant diversity A microRNA switch for nitrogen deficiency
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