Essai interlaboratoire du réseau RENOCLIP : étude de concordance du statut CDKN2A dans les gliomes diffus, comparaison de quatre techniques immunohistochimiques et moléculaires

Introduction

La délétion homozygote du gène CDKN2A est un critère du grade 4 des astrocytomes diffus, IDH-mutés, quel que soit l’aspect morphologique. Plusieurs techniques moléculaires et immunohistochimiques sont utilisées en routine mais aucune étude de comparaison interlaboratoire n’a été publiée à ce jour pour les gliomes diffus.

Objectif

Le statut CDKN2A d’une cohorte de 40 gliomes diffus a été évalué par trois techniques moléculaires (NGS, SNP array et FISH) et en immunohistochimie (p16 et MTAP) à partir d’un même échantillon tissulaire.

Matériel et méthode

Les techniques moléculaires ont été réalisées en aveugle les unes des autres, sur trois plateformes différentes. L’analyse de corrélation a été réalisée par un quatrième centre. Le résultat final du statut moléculaire CDKN2A était validé lorsqu’au moins deux techniques étaient concordantes. Le statut moléculaire CDKN2A était ensuite comparé aux résultats immunohistochimiques de p16 et MTAP.

Résultats

Les trois techniques moléculaires étaient concordantes dans 68 % (IC 95 % = [50,8 ; 81,4]) des cas (27/40), deux cas étaient un échec technique de la FISH. Les 11 cas restants montraient une discordance de résultat (le NGS et la FISH étant pris en défaut, respectivement dans 8 et 3 cas). Le SNP array montrait la meilleure sensibilité/spécificité (100 %). Il existait une concordance de 92 et 95 % avec MTAP et p16. Trois cas avec délétion homozygote de CDKN2A avaient une expression de MTAP maintenue et deux cas sans délétion homozygote de CDKN2A montraient une absence d’expression de p16.

Discussion

Dans les gliomes diffus, il a été prouvé que la délétion de CDKN2A et/ou CDKN2B avait un impact pronostique. Le NGS « ciblé » n’est pas optimal pour chercher cette altération et le design de la sonde de FISH recouvrant les loci CDKN2A, CDKN2B et MTAP, induit de facto la présence de résultats faux-négatifs. Elle n’a donc qu’une valeur prédictive positive. Le SNP array permet de déceler de façon sensible et spécifique les délétions focales. L’immunohistochimie anti-MTAP peut être prise en défaut lorsque seul CDKN2A et/ou CDKN2B est délété. L’immunohistochimie anti-p16 semble en revanche une technique de criblage intéressante permettant de dépister les cas délétés pour CDKN2A. De plus, celle-ci permettrait de rattraper les cas qui ont une perte d’expression de la protéine présentant une délétion hémizygote et un autre événement sur le second allèle (mutation inactivatrice, méthylation du promoteur), plusieurs articles publiés ayant récemment montré l’impact pronostique péjoratif de cette délétion hémizygote dans les gliomes diffus.

Conclusion

Cette première étude interlaboratoire de comparaison du statut CDKN2A dans les gliomes diffus montre l’excellente sensibilité/spécificité du SNP array et l’intérêt de l’immunohistochimie anti-p16 dans le criblage de cette altération impactant le pronostic et la prise en charge des patients.