Dr F. Chasseloup , Dr L. Syx , Dr K. Ancelin , Dr N. Ladurelle , Dr L. Amazit , Dr F. Fiore , Dr B. Lambert , Dr S. Viengchareun , Dr L. Cloix , Dr M.L. Nunes , Mme A. Galioot , Dr M. Barbot , Dr D. Regazzo , Pr C. Scaroni , Pr F. Pattou , Pr D. Maiter , Pr S. Tsagarakis , Pr R. Desailloud , Dr P. Emy , Pr I. Bourdeau , Pr P. Kamenicky
{"title":"赖氨酸去甲基化酶 KDM1A 功能缺失对 GIP 依赖性双侧大肾上腺皮质增生症组蛋白甲基化、染色质构象和基因表达的影响","authors":"Dr F. Chasseloup , Dr L. Syx , Dr K. Ancelin , Dr N. Ladurelle , Dr L. Amazit , Dr F. Fiore , Dr B. Lambert , Dr S. Viengchareun , Dr L. Cloix , Dr M.L. Nunes , Mme A. Galioot , Dr M. Barbot , Dr D. Regazzo , Pr C. Scaroni , Pr F. Pattou , Pr D. Maiter , Pr S. Tsagarakis , Pr R. Desailloud , Dr P. Emy , Pr I. Bourdeau , Pr P. Kamenicky","doi":"10.1016/j.ando.2024.08.084","DOIUrl":null,"url":null,"abstract":"<div><h3>Introduction</h3><div>L’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante (GIP-HBMS) est liée à l’inactivation génétique de l’histone déméthylase <em>KDM1A</em> et touche majoritairement les femmes (sex-ratio 12:1). Les conséquences de la perte fonctionnelle de KDM1A sur la méthylation des histones, le remodelage chromatinien et l’expression génique, et son possible rôle dans l’inactivation du chromosome X ne sont pas bien connues.</div></div><div><h3>Méthodes</h3><div>Nous avons analysés les échantillons GIP-HBMS et les échantillons d’HBMS indépendante du GIP (contrôles) par RNA-seq, ATAC-seq et ChIP-seq (H3K4me2 et H4K9me2).</div></div><div><h3>Résultats</h3><div>Nous avons observé 993 gènes surexprimés et 399 gènes sousexprimés (p<sub>adj</sub> <!--><<!--> <!-->0,05 et |logFC|<!--> <!-->><!--> <!-->1), et 4244 régions chromatiniennes différemment ouvertes et 3141 régions différemment fermées (p<sub>adj</sub> <!--><<!--> <!-->0,05 et |logFC|<!--> <!-->><!--> <!-->1) dans GIP-HBMS par rapport aux contrôles. Il existe une corrélation linéaire entre l’ouverture de la chromatine et le profil transcriptomique (r<!--> <!-->=<!--> <!-->0,58 et <em>p</em> <!--><<!--> <!-->2,2e-16). La région promotrice de GIPR figurait parmi les régions chromatiniennes les plus ouvertes ayant pour conséquences sa surexpression majeure dans GIP-HBMS. Nous avons identifié 45 gènes liés à l’X surexprimés et 8 sous-exprimés (p<sub>adj</sub> <!--><<!--> <!-->0,05 et |logFC|<!--> <!-->><!--> <!-->1) dans GIP-HBMS, sans déséquilibre global du dosage des transcrits liés à l’X chez les femmes.</div></div><div><h3>Conclusion/perspectives</h3><div>La perte fonctionnelle de KDM1A entraine un remodelage majeur de la chromatine, ayant pour conséquence une dérégulation globale de l’expression génique. La surexpression des gènes liés à l’X suggère un défaut d’inactivation du chromosome X. Les analyses par FlashSeq-scRNAseq, et par ChIP-seq sont en cours.</div></div>","PeriodicalId":7917,"journal":{"name":"Annales d'endocrinologie","volume":null,"pages":null},"PeriodicalIF":2.9000,"publicationDate":"2024-10-01","publicationTypes":"Journal Article","fieldsOfStudy":null,"isOpenAccess":false,"openAccessPdf":"","citationCount":"0","resultStr":"{\"title\":\"Conséquence de la perte fonctionnelle de la lysine déméthylase KDM1A sur la méthylation des histones, la conformation chromatinienne et expression génique dans l’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante\",\"authors\":\"Dr F. Chasseloup , Dr L. Syx , Dr K. Ancelin , Dr N. Ladurelle , Dr L. Amazit , Dr F. Fiore , Dr B. Lambert , Dr S. Viengchareun , Dr L. Cloix , Dr M.L. Nunes , Mme A. Galioot , Dr M. Barbot , Dr D. Regazzo , Pr C. Scaroni , Pr F. Pattou , Pr D. Maiter , Pr S. Tsagarakis , Pr R. Desailloud , Dr P. Emy , Pr I. Bourdeau , Pr P. Kamenicky\",\"doi\":\"10.1016/j.ando.2024.08.084\",\"DOIUrl\":null,\"url\":null,\"abstract\":\"<div><h3>Introduction</h3><div>L’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante (GIP-HBMS) est liée à l’inactivation génétique de l’histone déméthylase <em>KDM1A</em> et touche majoritairement les femmes (sex-ratio 12:1). Les conséquences de la perte fonctionnelle de KDM1A sur la méthylation des histones, le remodelage chromatinien et l’expression génique, et son possible rôle dans l’inactivation du chromosome X ne sont pas bien connues.</div></div><div><h3>Méthodes</h3><div>Nous avons analysés les échantillons GIP-HBMS et les échantillons d’HBMS indépendante du GIP (contrôles) par RNA-seq, ATAC-seq et ChIP-seq (H3K4me2 et H4K9me2).</div></div><div><h3>Résultats</h3><div>Nous avons observé 993 gènes surexprimés et 399 gènes sousexprimés (p<sub>adj</sub> <!--><<!--> <!-->0,05 et |logFC|<!--> <!-->><!--> <!-->1), et 4244 régions chromatiniennes différemment ouvertes et 3141 régions différemment fermées (p<sub>adj</sub> <!--><<!--> <!-->0,05 et |logFC|<!--> <!-->><!--> <!-->1) dans GIP-HBMS par rapport aux contrôles. Il existe une corrélation linéaire entre l’ouverture de la chromatine et le profil transcriptomique (r<!--> <!-->=<!--> <!-->0,58 et <em>p</em> <!--><<!--> <!-->2,2e-16). La région promotrice de GIPR figurait parmi les régions chromatiniennes les plus ouvertes ayant pour conséquences sa surexpression majeure dans GIP-HBMS. Nous avons identifié 45 gènes liés à l’X surexprimés et 8 sous-exprimés (p<sub>adj</sub> <!--><<!--> <!-->0,05 et |logFC|<!--> <!-->><!--> <!-->1) dans GIP-HBMS, sans déséquilibre global du dosage des transcrits liés à l’X chez les femmes.</div></div><div><h3>Conclusion/perspectives</h3><div>La perte fonctionnelle de KDM1A entraine un remodelage majeur de la chromatine, ayant pour conséquence une dérégulation globale de l’expression génique. La surexpression des gènes liés à l’X suggère un défaut d’inactivation du chromosome X. Les analyses par FlashSeq-scRNAseq, et par ChIP-seq sont en cours.</div></div>\",\"PeriodicalId\":7917,\"journal\":{\"name\":\"Annales d'endocrinologie\",\"volume\":null,\"pages\":null},\"PeriodicalIF\":2.9000,\"publicationDate\":\"2024-10-01\",\"publicationTypes\":\"Journal Article\",\"fieldsOfStudy\":null,\"isOpenAccess\":false,\"openAccessPdf\":\"\",\"citationCount\":\"0\",\"resultStr\":null,\"platform\":\"Semanticscholar\",\"paperid\":null,\"PeriodicalName\":\"Annales d'endocrinologie\",\"FirstCategoryId\":\"3\",\"ListUrlMain\":\"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003426624001951\",\"RegionNum\":3,\"RegionCategory\":\"医学\",\"ArticlePicture\":[],\"TitleCN\":null,\"AbstractTextCN\":null,\"PMCID\":null,\"EPubDate\":\"\",\"PubModel\":\"\",\"JCR\":\"Q3\",\"JCRName\":\"ENDOCRINOLOGY & METABOLISM\",\"Score\":null,\"Total\":0}","platform":"Semanticscholar","paperid":null,"PeriodicalName":"Annales d'endocrinologie","FirstCategoryId":"3","ListUrlMain":"https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0003426624001951","RegionNum":3,"RegionCategory":"医学","ArticlePicture":[],"TitleCN":null,"AbstractTextCN":null,"PMCID":null,"EPubDate":"","PubModel":"","JCR":"Q3","JCRName":"ENDOCRINOLOGY & METABOLISM","Score":null,"Total":0}
Conséquence de la perte fonctionnelle de la lysine déméthylase KDM1A sur la méthylation des histones, la conformation chromatinienne et expression génique dans l’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante
Introduction
L’hyperplasie macronodulaire bilatérale des surrénales GIP-dépendante (GIP-HBMS) est liée à l’inactivation génétique de l’histone déméthylase KDM1A et touche majoritairement les femmes (sex-ratio 12:1). Les conséquences de la perte fonctionnelle de KDM1A sur la méthylation des histones, le remodelage chromatinien et l’expression génique, et son possible rôle dans l’inactivation du chromosome X ne sont pas bien connues.
Méthodes
Nous avons analysés les échantillons GIP-HBMS et les échantillons d’HBMS indépendante du GIP (contrôles) par RNA-seq, ATAC-seq et ChIP-seq (H3K4me2 et H4K9me2).
Résultats
Nous avons observé 993 gènes surexprimés et 399 gènes sousexprimés (padj < 0,05 et |logFC| > 1), et 4244 régions chromatiniennes différemment ouvertes et 3141 régions différemment fermées (padj < 0,05 et |logFC| > 1) dans GIP-HBMS par rapport aux contrôles. Il existe une corrélation linéaire entre l’ouverture de la chromatine et le profil transcriptomique (r = 0,58 et p < 2,2e-16). La région promotrice de GIPR figurait parmi les régions chromatiniennes les plus ouvertes ayant pour conséquences sa surexpression majeure dans GIP-HBMS. Nous avons identifié 45 gènes liés à l’X surexprimés et 8 sous-exprimés (padj < 0,05 et |logFC| > 1) dans GIP-HBMS, sans déséquilibre global du dosage des transcrits liés à l’X chez les femmes.
Conclusion/perspectives
La perte fonctionnelle de KDM1A entraine un remodelage majeur de la chromatine, ayant pour conséquence une dérégulation globale de l’expression génique. La surexpression des gènes liés à l’X suggère un défaut d’inactivation du chromosome X. Les analyses par FlashSeq-scRNAseq, et par ChIP-seq sont en cours.
期刊介绍：
The Annales d''Endocrinologie, mouthpiece of the French Society of Endocrinology (SFE), publishes reviews, articles and case reports coming from clinical, therapeutic and fundamental research in endocrinology and metabolic diseases. Every year, it carries a position paper by a work-group of French-language endocrinologists, on an endocrine pathology chosen by the Society''s Scientific Committee. The journal is also the organ of the Society''s annual Congress, publishing a summary of the symposia, presentations and posters. "Les Must de l''Endocrinologie" is a special booklet brought out for the Congress, with summary articles that are always very well received. And finally, we publish the high-level instructional courses delivered during the Henri-Pierre Klotz International Endocrinology Days. The Annales is a window on the world, keeping alert clinicians up to date on what is going on in diagnosis and treatment in all the areas of our specialty.
京公网安备 11010802042870号
京ICP备2023020795号-1
分享
求助内容：
应助结果提醒方式：
扫码关注我们
